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物理地図と遺伝地図の遺伝子順序の違い トピック削除
No.2515-TOPIC - 2013/11/01 (金) 17:30:05 - Kotatsu
AとBという系統由来のRecombinant inbred lineを使ってマッピングを行っています。
Aの遺伝子の並びは物理地図でわかっていますが、Bはわかっていません。
マッピングを行ったところ、ある領域でAの遺伝子の並びとマッピングの遺伝子の並びが異なっていました。
この場合、染色体の構造変異などが考えられるのでしょうか?
 
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No.2515-6 - 2013/11/05 (火) 16:04:52 - AP
逆位を疑わせる結果のように見受けられますが、結果の記述があいまいすぎて、というか文章として不完全で、よくわかりません。

>ある領域でAの遺伝子の並びとマッピングの遺伝子の並びが異なっていました。

どのように?

>実験し直してみたら、完全に連鎖していることがわかりました。

主語は(何と何が)?

本来なら実データをじっくり眺めて解析しないと結論がでないような問題を、不完全な情報しか出さずに他の人に聞こうなんてのは、無理じゃないか?

(無題) 削除/引用
No.2515-5 - 2013/11/05 (火) 10:08:39 - ~
Aについて、報告されている配列情報と、自身で行った結果から考えられる配列が異なっているということですよね。
アライメントを間違えている配列が報告されているというのは、珍しい話ではありません。
そのため、書かれている情報だけでは、Kotatsu さんの手持ちのAの物理地図が樹立時点以降におかしくなっているとは言い切れないでしょう。


この先どうされたいのか分かりませんが、
・Aの樹立元にAをもらい直して遺伝地図を確認する
・Aの物理地図を報告したグループに相談してみる
・A以外の物理地図が分かっているlineを使って実験を進める
・手持ちのAについて、必要な範囲の物理地図を作成する
などを行うことになるかもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.2515-4 - 2013/11/04 (月) 12:29:46 - おお
>[Re:3] Kotatsuさんは書きました :


> 実験し直してみたら、完全に連鎖していることがわかりました。
> 明らかに組換えが抑制されているので、逆位などが起こっているのでしょうか?
>



完全に連鎖しているということは非常にちかいわけで、逆いしているエビデンスにはならないとおもいますが、、、そもそも実験をやり直してといいますが、それぞれで違うデーターがでているようで、どうなっているのかわたしには検討もつきませんけど。

(無題) 削除/引用
No.2515-3 - 2013/11/02 (土) 17:00:40 - Kotatsu
おお様

>物理地図と遺伝地図タイトルに物理地図と遺伝地図とかいてますが、あなたのマッピングはどちらですか?

遺伝地図です。

実験し直してみたら、完全に連鎖していることがわかりました。
明らかに組換えが抑制されているので、逆位などが起こっているのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.2515-2 - 2013/11/02 (土) 15:00:53 - おお
>[Re:1] Kotatsuさんは書きました :

> マッピングを行ったところ、ある領域でAの遺伝子の並びとマッピング

物理地図と遺伝地図タイトルに物理地図と遺伝地図とかいてますが、あなたのマッピングはどちらですか?

> この場合、染色体の構造変異などが考えられるのでしょうか?

まあそうかもしれませんが、データーを付き合わせて考えないと結論付けられるかどうかわかりません。

物理地図と遺伝地図の遺伝子順序の違い 削除/引用
No.2515-1 - 2013/11/01 (金) 17:30:05 - Kotatsu
AとBという系統由来のRecombinant inbred lineを使ってマッピングを行っています。
Aの遺伝子の並びは物理地図でわかっていますが、Bはわかっていません。
マッピングを行ったところ、ある領域でAの遺伝子の並びとマッピングの遺伝子の並びが異なっていました。
この場合、染色体の構造変異などが考えられるのでしょうか?

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