>大きいサイズに向いているコンピを探すべきでしょうか？
1pgで二桁コロニーが取れる計算なので、サブクローニングであれば探す時間がもったいないと思います。
また、コンピテンシーを二桁あげれば解決する問題のようには見えません。
>導入サイトで切れない（結合部位、インサート遺伝子ともにです）ことでしか確認しておりません。
制限酵素：
AviIIとSnaB1とをつなげたら、結合部位の制限酵素サイトつぶれますよね。結合部位で切れないというのはどういう意味でしょうか。
また、PAC側で切れるサイトの結果はどうですか？
1カットできそうな制限酵素で、全長のサイズをチェックしていますか？
PCR：
PCRもやっていると書かれていますが、切れないことでしか確認していないということは、PCRの結果がどういうことを意味しているのでしょうか？
制限酵素で期待したパターンを示さず、PCRでも増えていないのであれば、取れているコロニーが全くPACとは無関係のコンタミであることを否定できません。
ベクターがまともで、制限酵素地図ではわけのわからないインサートが入っているというのであれば、シークエンシングをお勧めするつもりでしたが、そこまで進んでいないようです。
まずは取れているものが何なのか、全長を確認したり簡単な制限酵素地図を作ってみて確認されてはいかがでしょうか。 |
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