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(無題) 削除/引用 No.2488-5 - 2013/10/26 (土) 10:19:34 - qq APBS（Adaptive Poisson-Boltzmann Solver）が使えるのかもしれない。あなたがその方面に進みたいのであれば、探ってみてはいかがか？ APBSは、pymolにbundleされているかもしれません。 いずれにしてもこの辺のことは、ソフトに結果の責任をなすりつける事の出来ない領域です。

(無題) 削除/引用 No.2488-4 - 2013/10/25 (金) 19:52:56 - ほげ pKa's of ionizable groups in proteins: atomic detail from a continuum electrostatic model Donald Bashford , Martin Karplus Biochemistry, 1990, 29 (44), pp 10219�10225 DOI: 10.1021/bi00496a010

(無題) 削除/引用 No.2488-3 - 2013/10/25 (金) 19:40:03 - dis qq様、早速の回答ありがとうございます。 タンパク質全体のpIではなく、各アミノ酸残基ごとのpKaが知りたいです。 例えば、120番目のアルギニンのpKaは10.1で、101番目のアルギニンのpKaは12というふうに、 ですので、3次元構造などの情報が無いとできないと思われますが、3次元構造などを用いて、計算するソフトがあれば知りたいです。

(無題) 削除/引用 No.2488-2 - 2013/10/25 (金) 19:32:18 - qq expasyと呪文を唱える。 (web.expasy.org/compute_pi)

pKaを求めるソフト 削除/引用 No.2488-1 - 2013/10/25 (金) 18:15:33 - dis １つのタンパク質内のアミノ酸残基（リジンとかグルタミン酸とか）のpKaを予測したり計算したりするソフトやサイトを知っている方はいませんか？ ご存知の方がいましたら、ご教示ください。 どうぞよろしくお願いします。

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