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(無題) 削除/引用 No.2474-3 - 2013/10/22 (火) 18:34:54 - mon Chen, H., Bjerknes, M., Kumar, R., & Jay, E. (1994). Determination of the optimal aligned spacing between the Shine-Dalgarno sequence and the translation initiation codon of Escherichia coli mRNAs. Nucleic Acids Research, 22(23), 4953-4957. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC523762/pdf/nar00047-0099.pdf Shultzaberger, R. K., Bucheimer, R. E., Rudd, K. E., & Schneider, T. D. (2001). Anatomy of Escherichia coli ribosome binding sites. Journal of Molecular Biology, 313(1), 215-228. >-35からどの程度上流までクローニングすればよいのでしょうか？ 一番確実なのは5'側の遺伝子の末端（promoterもしくはterminator)まで。 promoterの機能としては-5bpくらいでも良いですが、他の転写因子結合部位があったりDNAの緩み具合？に影響する可能性もあるので、なんとも...。 >また、それは全て合成で用意してもよいのでしょうか？ 意味不明

発現ベクターの設計 削除/引用 No.2474-1 - 2013/10/22 (火) 11:44:56 - Promoter 初めて発現ベクター(プロモーターのみ。後の組込みを想定)の設計をしています。 市販のベクターや論文等を参考にしながら設計していて 発現の安定しているphage由来のプロモーターを使うことにしました。 ここで一つ疑問が生じたのですが、一般的に発現ベクターではSD配列の後に ８塩基程度開けて開始コドンがあると思います。これは距離を最適化する ためで、目的遺伝子の発現にはこの開始コドンを使うと最適な発現が出来る ようにという解釈で宜しいでしょうか？ もう一つです。 そもそも、ファージのプロモーターを利用する際、-35、-10等が既に分かって いる配列であれば、-35からどの程度上流までクローニングすればよいの でしょうか？また、それは全て合成で用意してもよいのでしょうか？ 初歩的な質問かもしれませんが、宜しくお願いします。

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