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(無題) 削除/引用 No.2458-6 - 2013/10/19 (土) 22:09:57 - DrCarter コメントありがとうございます。 確かに今の自分に出来る出来ないで線を引いていたら、そこで終わりですよね。 基礎の先生に教えてもらってやってみます。

(無題) 削除/引用 No.2458-5 - 2013/10/19 (土) 15:11:11 - Harmonia ＞配列を決めるのが筋なのはわかりますが、少なくとも臨床医の私に 　とっては現実的ではありません。 では、Taqman Gene Expression Assayで検出したものが何であるかを どのように説明されるのでしょうか? 研究のどこかの段階で、標的の配列を決定しておかないといけません。 疑問は解決しておくべきと考えます。

(無題) 削除/引用 No.2458-4 - 2013/10/19 (土) 10:08:05 - AA どの程度の大きさの領域を配列決定する必要があるかは問題ですが、 例えば1遺伝子のエクソン全域を読む、程度であれば、 Taqmanやアレイを気兼ねなく使える予算があるのであれば、 なんとかできそうな気がします。 タカラだとかファスマックだとかあたりが受注解析もしていますので、 プライマーさえ設計すれば試薬と時間と手間の問題を解決できます。 ・・・・それなりに掛かりますが。いかがでしょうか？

ありがとうございます 削除/引用 No.2458-3 - 2013/10/19 (土) 05:36:58 - DrCarter ＞おお さん コメントありがとうございます。 確かに悩んでも意味がないですよね。 しかし、配列を決めるのが筋なのはわかりますが、少なくとも臨床医の私にとっては現実的ではありません。 Taqman Gene Expression AssayやAgilentのMicroarrayには「sus scrofa」（=正式にはイノシシ）という括りがあるので（実際にイノシシでの使用を想定されているとは思えないのですが。。。）、ミニブタなどに適応したことのある方がいらっしゃるかと思い、投稿した次第です。 一応ライフテクノロジーズに問い合わせましたところ、イノシシ科ならエクソン配列はほとんど（100%ではないであろうことが問題ですが）共通だと思うのでTaqmanは使用可能だと思うが、保証はできない、とのことでした。（まぁそうですよね。） うーむ。。。仮にTaqmanを使用して何らかの結果が出たとしても、結局その結果をどう解釈するかが問題になるし。。。やはり配列を決めるしかないのですかね。。。

(無題) 削除/引用 No.2458-2 - 2013/10/16 (水) 22:58:59 - おお ヒトとチンパンジーで95%の相同性、でもマウスとラットではけっこう違ったりします。考えてもあまり生産性がないのでは? ターゲットの数が多くないなら配列を決めるのが筋ではないでしょうか。

ブタのPCR、品種によるゲノムの差について 削除/引用 No.2458-1 - 2013/10/16 (水) 22:10:58 - DrCarter お世話になっております。 ブタを用いた新規研究プロジェクト立案に際しまして、伺いたいことがございます。 実験用ブタ（クラウン系ミニブタもしくはマイクロミニブタ）の組織から抽出したRNAからリアルタイムPCRを行いたいと考えております。 Primer設計に際して、NCBIデータベースの「sus scrofa(pig)」を参考にしようと思うのですが、エクソンの配列というのは（ブタであれば）多少品種が異なっても、ほぼ共通と考えてよいのでしょうか？ 品種が異なればゲノム配列が異なるのは当然ですが、マウスではB6とかBALBとか系統が異なっても、同じTaqman Gene Expression AssayでPCRできる。。。と考えているうちに訳がわからなくなってしまいました。 ご多忙とは存じますが、コメント頂けますと幸いです。

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