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ポリA様の働きをする配列 トピック削除
No.2444-TOPIC - 2013/10/11 (金) 06:34:43 - ポリB
初めて投稿させていただきます。
教官から「ポリAと同じ働きをするけどポリAではない配列があると学会で聞いたことがある。その配列を使って実験をしてみたいから、配列が載っている論文を探してほしい」と頼まれました。
mRNAの3'末端には通常約200〜250bpのAAAAAAA.....AAA配列が付加されるが、教官が言うには、AAAA....AAAのようなアデニンの連続配列でなくてもポリAと同様の働きをするシークエンスが存在するのだそうです。ただ、それ以上の情報は教官も持っていないようで、途方にくれております。
PubMedで検索をしてポリA関連のレビューにも目を通したのですが、該当する文献が見つかりません。
もし、ご存知の方がおられましたら教えていただけないでしょうか?
よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2444-13 - 2013/10/12 (土) 11:04:58 - Harmonia
No.2444-11
ががさん
ありがとうございます。

無細胞翻訳系でも効くのだろうか?と思いました。
実はもう、キットのベクターに含まれていたりして。

(無題) 削除/引用
No.2444-12 - 2013/10/12 (土) 01:39:04 - ポリB
がが様
 まだアブストしか読んでいませんが、MALAT1のUTRは非常に興味深いです。ウイルス関係に加えてtiple helixの3'UTRも検索範囲に入れて再度文献に当たってみます。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2444-11 - 2013/10/11 (金) 23:46:12 - がが
Malat1のUTR
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23073843

(無題) 削除/引用
No.2444-10 - 2013/10/11 (金) 21:17:02 - TK-1
> 賛同しかねます。
> アイデアがないわけではなく、その教官も学会で聞いてきた情報を自分の研究にも生かせると考えたから、調べて欲しいと頼んだのでは?
だから、そんなもんを学生に丸投げで調べさせるんじゃなくて、自分で調べるもん。

> 今回の場合、学会が最近のものなら論文はまだ出てないと思います。
> 発表したグループがわかるのであれば、共同研究なり申し込むのも、研究内容がぶつからなければお互い利点がありそうですが。
共同研究の話し合いを学生にやらせる?

そもそも、自分が答えを持っていないものを学生なり、下のもんに調べといてと言って任せるのは指導教官と名のつく人のやることじゃないでしょう。

(無題) 削除/引用
No.2444-9 - 2013/10/11 (金) 10:44:54 - うーん
>[Re:8] flow joeさんは書きました :
> 全く検討がつていない、実験的きっかけもアイデアもない状態で研究を始めようとするとんでもない教官ですね。趣味でもない限り築きあげてきた基礎に基づいた実験をするべきですよ普通は。そうでなければよほどの天才でもない限り実績が意味をなさない。そんな輩がいるからアカデミックは人員整理ができていないのにポストを増やしたがると思われてしまうのではないでようか。

賛同しかねます。
アイデアがないわけではなく、その教官も学会で聞いてきた情報を自分の研究にも生かせると考えたから、調べて欲しいと頼んだのでは?

今回の場合、学会が最近のものなら論文はまだ出てないと思います。
発表したグループがわかるのであれば、共同研究なり申し込むのも、研究内容がぶつからなければお互い利点がありそうですが。

趣味? 削除/引用
No.2444-8 - 2013/10/11 (金) 09:23:32 - flow joe
全く検討がつていない、実験的きっかけもアイデアもない状態で研究を始めようとするとんでもない教官ですね。趣味でもない限り築きあげてきた基礎に基づいた実験をするべきですよ普通は。そうでなければよほどの天才でもない限り実績が意味をなさない。そんな輩がいるからアカデミックは人員整理ができていないのにポストを増やしたがると思われてしまうのではないでようか。

(無題) 削除/引用
No.2444-7 - 2013/10/11 (金) 08:31:57 - ポリB
Harmonia様

>「学会の話」は真核生物での話ですよね?

はい、真核生物での話になります。


>「ポリAと同じ働き」の真意は?翻訳?分解・安定性?
 
意図するところとしては、翻訳に関して同じ機能をする配列ということになりますが、安定性という意味も入ってくるとみています。


http://ja.wikipedia.org/wiki/ポリアデニル化
の「動物の複製依存的ヒストンmRNAは例外である」あたりが関連しますか?

ありがとうございます。
ヒストンについても調べてみたのですが、確かにポリAがなく、特殊な構造によって翻訳を制御しているようです。ただ翻訳される時期(細胞周期)が制御されて決まっているようで、今回の調査目的には合致していませんでした。

(無題) 削除/引用
No.2444-6 - 2013/10/11 (金) 08:20:00 - Harmonia
「学会の話」は真核生物での話ですよね?
念のため。

それと、
「ポリAと同じ働き」の真意は?
翻訳?
分解・安定性?

http://ja.wikipedia.org/wiki/ポリアデニル化
の「動物の複製依存的ヒストンmRNAは例外である」あたりが関連しますか?
あいまいな情報で、すみません。

(無題) 削除/引用
No.2444-5 - 2013/10/11 (金) 08:07:49 - ポリB
mon様
ありがとうございます。言われてみれば、、、確かにウイルス関連の可能性が高いですよね。。。polyA関連の論文ばかり調べてる間は全く思いつきもしませんでした。。。いただいたヒントを基に、もう一度調べなおしてみます。ご指摘ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2444-4 - 2013/10/11 (金) 07:47:56 - mon
まあ、ウィルス関連だろうな思いながら、
Google Scholar で、"mRNA stabiliz* non-polyA”で検索すると
Translation of dengue virus RNA: influence of the untranslated regions on 5´-cap dependent translation and ribosome scanning
が有って、
ウィルスの3'UTRのtRNA様配列が関与しているという総説が出来てきましたよ。

(無題) 削除/引用
No.2444-3 - 2013/10/11 (金) 07:39:47 - ポリB
確かにご指摘はごもっともだとは思います。トピックを読んだだけでは、いかにも安易に情報を得ようとしていると見られるかもしれませんが、、、。ただ私がどれだけ調べたかをここで列挙してもあまり意味がないかなあとも思います。当然、教官にも再確認し、学会誌にも目を通し、孫引きを含めて何十報か論文にも目を通した末に、何かヒントが得られないかと思い投稿させていただいた次第です。おそらくpolyA binding protein(PABP)がpolyA以外で認識する配列があるのだろうと見当はつけているのですが、畑違いの分野ということもあり、どうにも論文がひっかかってきません。もしこの分野に詳しい方がおられれば、ご意見をいただけると幸いです。

(無題) 削除/引用
No.2444-2 - 2013/10/11 (金) 06:58:47 - TK-1
教官に言われてわからないからここに丸投げはマズイでしょう。そんなことを丸投げする教官の方がもっとまずいですが、ここの人はパシリのためのパシリじゃないですから。

ここで相談する前にその人に情報不足で調べられませんと相談してください。何でも匿名掲示板丸投げはあまりいい習慣じゃないですよ。

ポリA様の働きをする配列 削除/引用
No.2444-1 - 2013/10/11 (金) 06:34:43 - ポリB
初めて投稿させていただきます。
教官から「ポリAと同じ働きをするけどポリAではない配列があると学会で聞いたことがある。その配列を使って実験をしてみたいから、配列が載っている論文を探してほしい」と頼まれました。
mRNAの3'末端には通常約200〜250bpのAAAAAAA.....AAA配列が付加されるが、教官が言うには、AAAA....AAAのようなアデニンの連続配列でなくてもポリAと同様の働きをするシークエンスが存在するのだそうです。ただ、それ以上の情報は教官も持っていないようで、途方にくれております。
PubMedで検索をしてポリA関連のレビューにも目を通したのですが、該当する文献が見つかりません。
もし、ご存知の方がおられましたら教えていただけないでしょうか?
よろしくお願いいたします。

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