Bio Technical フォーラム

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SDS処理について トピック削除
No.2429-TOPIC - 2013/10/06 (日) 15:12:24 - たか
いつもお世話になっております。

当方、BigDyeterminater cycle sequencing kit v3.1を用いてダイレクトシークエンスを行っております。PCRpruductの精製はQUIAGEN、ダイターミネーターの除去はFastGene社の除去キット、シーケンサーはABIの3130xlです。
BigDyeを付けたsampleを2.2%SDS heating処理をせずに今まで何の問題もなくデータが得られていました。ある方から「SDSでのheating処理をしないなんてどうかしてる。」とのご指摘を受けました。


SDS処理はデータの精度に大きく関わるのでしょうか?


皆様のご意見をお聞かせ下さい。
よろしくお願い致します。
 
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No.2429-4 - 2013/10/07 (月) 21:28:28 - たか
おお様
ぷろとこる様

ご意見賜り、大変感謝しております。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2429-3 - 2013/10/06 (日) 16:10:33 - ぷろとこる
SDS/heatingで未反応のBigDyeの除去効率があがるということなので、処理しなくてもシークエンスが読めないわけではなくて、バックがあがりやすいというだけでしょう。
BigDye3.1の除去キットで「SDS処理不要」を謳っているスピンカラムもあることですし、そこまで厳密なものでもない気がします。
「どうかしてる」というのは言い過ぎな気もしますが、「説明書読めよ」という意味なら、言いたい事もわからなくもないです。

(無題) 削除/引用
No.2429-2 - 2013/10/06 (日) 15:33:24 - おお
さいきんはSDSつかうのかねっていうのが第一におもうところです。どこでするのか知れませんが、バックグランドにでてくるフリーの色素が効率よく除けるとかなんでしょうかねぇ。。。
ということで、結論としてはシーケンスはしなくてもたいてい読めるでしょう。ただし、改善される部分はあると思いますので、たまに起こるトラブルを避けることができる可能性はあります。

SDS処理について 削除/引用
No.2429-1 - 2013/10/06 (日) 15:12:24 - たか
いつもお世話になっております。

当方、BigDyeterminater cycle sequencing kit v3.1を用いてダイレクトシークエンスを行っております。PCRpruductの精製はQUIAGEN、ダイターミネーターの除去はFastGene社の除去キット、シーケンサーはABIの3130xlです。
BigDyeを付けたsampleを2.2%SDS heating処理をせずに今まで何の問題もなくデータが得られていました。ある方から「SDSでのheating処理をしないなんてどうかしてる。」とのご指摘を受けました。


SDS処理はデータの精度に大きく関わるのでしょうか?


皆様のご意見をお聞かせ下さい。
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