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(無題) 削除/引用 No.2404-6 - 2013/11/16 (土) 03:15:15 - おお ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2404-5 - 2013/11/14 (木) 18:20:41 - N 正確には IgG → normal IgG です。申し訳ございません。

(無題) 削除/引用 No.2404-4 - 2013/11/14 (木) 18:19:26 - N 長らく空いてしまい見て頂けないかもしれませんが… おお様 IgGで落としたDNAをコントロールとして掲載する論文もありますが、実際に頻度多く次世代シーケンサーを使われている方に話を伺ったところ、Inputをコントロールとしており、それが標準的な流れとのことでした。 実際にこれまで私の実験系においては、IgGでChIPを行い回収できたDNAは下流のライブラリー作製に回すほどの量を回収できてはいません。。。 ご参考までに。

(無題) 削除/引用 No.2404-3 - 2013/10/04 (金) 15:35:54 - おお ちょっと逆に質問ですが、normal IgG を使うと理想的にはDNAは落ちないわけですが、sequence するのに無理がありませんか? もちろん全くDNAがない状態というのは理想的でなんらかのバックグランドがあるでしょうけど、微量なものを無理矢理sequenceするわけですよね。それにバックグランドとでても、バックグランドを拾う特性として把握はできるものの、目的の抗体で落ちてきたのが、抗体の特異性で落ちてきたのか、バックグランドで落ちてきたのかのはんだんは難しいですよね。 プラクティカルのはよくnormal IgGをつかうのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.2404-2 - 2013/10/04 (金) 08:45:40 - Harmonia 答えがつかないのは、答えようがないからでしょう。 ぼくが実験するとしたら、 自分が観察したいことは、何と何を比較したどんな違いか？ 違いが、その手法の観察誤差に起因するとしたら、否定のためにどのよ うな実験を組めばよいか？ つまり、 それに用いる手法は、何が見えるための手法か？ 観察されたデータ（実測値）は見たいことの絶対値か相対値か？ 観察に至るまでに、どのような作業ステップが有るか？ 各作業ステップで考えられる誤差はなにがあるか？ と考えて、計画を立てます。 次に、金銭感覚です。 前述の通りにコントロール実験をすると、本実験に至る前に、金銭的に も精神的にも終わってしまいますから、どれをする・しないを考えます。 自己裁量・自己責任で決断するかもしれないし、誰かに相談するかも しれない。

ChIP-seqのコントロール 削除/引用 No.2404-1 - 2013/09/27 (金) 16:54:57 - N いつも勉強させて頂いてます。 今回お尋ねさせて頂きたいのは、ChIP-seqのコントロールとして何を用いるべきかということです。Inputやnormal IgGで落としてきたDNA、刺激前後でのプロファイル比較なんかは刺激前後でのプロファイル比較しか行われない事も多いかと思います。無論、その結果で何を言いたいかということも考慮しなければいけないとは思いますが、実際にChIP-seqを行われている先生方の意見を伺えたらと思います。どうぞよろしくお願い致します。

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