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Real Time PCRのアンプリコンのサイズ
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No.2400-TOPIC - 2013/09/26 (木) 17:17:16 - しお
いつもお世話になります。
Real-Time PCRのアンプリコンの増幅サイズは80-150 bpが標準であると一般的には言われているようですが、これは何故なのでしょうか。短時間にできるだけ高い増幅シグナルを発せられるようにとは思うのですが、短くしないといけない理由が調べてもいまいちよく分かりません。どなたかご教示頂けないでしょうか?
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No.2400-8 - 2013/09/27 (金) 14:42:25 - おお
異論ありません
(無題)
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No.2400-7 - 2013/09/27 (金) 11:22:55 - みにみに
比較Ct法だとターゲット遺伝子と内在性コントロールの増幅効率が同じというのが必須の条件。
ターゲット遺伝子の増幅サイズが大きいと、それだけ増幅効率が低下するリスクが高まるため、できるだけ短い(200bp未満)サイズが求められる。
異論のある方いますか?
(無題)
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No.2400-6 - 2013/09/27 (金) 03:06:33 - おお
5kbpとかでqPCRの系を確立したら逆に"おー"と感心するかも。
(無題)
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No.2400-5 - 2013/09/26 (木) 23:18:32 - おお
Ct値が1変われば二倍(1/2倍)という見方をよくしますよね。なら、どの様にすれば理想に近くなるかという話。
(無題)
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No.2400-4 - 2013/09/26 (木) 20:34:01 - みにみに
長すぎると増幅効率が低下するから、とか蛍光色素の減りが多くなるから、とかそんな感じかな。
(無題)
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No.2400-3 - 2013/09/26 (木) 18:42:00 - AP
>一般的には言われているようですが、
あなたは何を情報源としているのですか?
qPCR、real-time PCRの原理や理論を論じているまともな教科書には、あるいはメーカーのハンドブックの類ですら、ちゃんと書かれているはずだがなあ。
(無題)
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No.2400-2 - 2013/09/26 (木) 17:29:46 -
qq
別に長くても問題ないかもね。やってみたらどう?
仮に、80bp,160bp,300bp,600bp,1200bpのPCRをかけたとして、どうなりそうだと思う?
Real Time PCRのアンプリコンのサイズ
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No.2400-1 - 2013/09/26 (木) 17:17:16 - しお
いつもお世話になります。
Real-Time PCRのアンプリコンの増幅サイズは80-150 bpが標準であると一般的には言われているようですが、これは何故なのでしょうか。短時間にできるだけ高い増幅シグナルを発せられるようにとは思うのですが、短くしないといけない理由が調べてもいまいちよく分かりません。どなたかご教示頂けないでしょうか?
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