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最近接塩基対法とGC%法 トピック削除
No.2378-TOPIC - 2013/09/17 (火) 16:28:24 - ema
いつもお世話になっております。

プライマーTm値を決定する方法にGC%法と最近接塩基対法というのがあります。
最近接塩基対法はATGCの配置のバランスを考慮した計算方法で算出しており、一方でGC%法は単にプライマー内にGCがどれだけの割合であるかを算出したものですよね。GC%法ではATGCの偏りが考慮されないので、最近接塩基対法の方がTm値としては正確と言われているようです。ですが、プライマーを注文すると最近接塩基対法によるTm値だけでなくGC%法によるTm値も表示されています。GC%法によるTm値算出の利点とは何なのでしょうか?最近接塩基対法のほうが正確なのであれば、それだけで良いように思うのですが、このあたりにお詳しい方、ご教示頂けないでしょうか。

よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.2378-2 - 2013/09/17 (火) 23:08:59 - おお
>[Re:1] emaさんは書きました :
> プライマーを注文すると最近接塩基対法によるTm値だけでなくGC%法によるTm値も表示されています。

すべてのメーカーでそうなってますか? たぶんそうではないと思うのでメーカーの意向でしょう。GC%だけで算出することが昔は多かったとかってに思い込んでますが、そうしてきた人がいきなり違う計算方法でたされた数字をみて、GC%で算出したと思い込んでそれで条件を決定したりすると、感覚にぶれが出てくるかもしれないというユーザーへの配慮かもしれません。正確なTmがそんなに有用でしょうか。

最近接塩基対法とGC%法 削除/引用
No.2378-1 - 2013/09/17 (火) 16:28:24 - ema
いつもお世話になっております。

プライマーTm値を決定する方法にGC%法と最近接塩基対法というのがあります。
最近接塩基対法はATGCの配置のバランスを考慮した計算方法で算出しており、一方でGC%法は単にプライマー内にGCがどれだけの割合であるかを算出したものですよね。GC%法ではATGCの偏りが考慮されないので、最近接塩基対法の方がTm値としては正確と言われているようです。ですが、プライマーを注文すると最近接塩基対法によるTm値だけでなくGC%法によるTm値も表示されています。GC%法によるTm値算出の利点とは何なのでしょうか?最近接塩基対法のほうが正確なのであれば、それだけで良いように思うのですが、このあたりにお詳しい方、ご教示頂けないでしょうか。

よろしくお願い致します。

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