Bio Technical フォーラム

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TAクローニング インサートされているのに青 トピック削除
No.2353-TOPIC - 2013/09/11 (水) 13:26:59 - ルイ
TAクローニングを行っています。
形質転換した大腸菌(JM109)をプレーティングした所、コロニーが10個ほど出てきたのですが、青白判定ができず(青が非常に薄く判別できない)、全てコロニーPCRに持ち込みました。その際、マスタープレートも作りました。
コロニーPCRを行った結果、しっかりとインサートを確認できるものがありました。また、マスタープレートを見てみると今度ははっきりと青白が判別できるようになっていました。しかし、コロニーPCRの結果と合わせてみると、インサートを確認したものの中に青がはっきりと出てきているものがありました。

インサートを含んでいるにもかかわらず、青色を呈することなんてあるのでしょうか?コロニーPCRの結果を信用して進めて良いでしょうか?

vector:pMD20
insert size:1.6kb

実験の流れ
PCR→ゲルからの吸出し精製→エタ沈→ライゲーション→形質転換→プレーティング・・・といった感じです。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2353-5 - 2013/09/17 (火) 12:50:37 - ルイ
みなさん、ありがとうございます。

とりあえず、プラスミドを精製して確認してみようと思います。

(無題) 削除/引用
No.2353-4 - 2013/09/11 (水) 17:47:22 - ふつうに
インサートが短い(長くても)場合、インフレームでLacZプラス。
または、インサートの内部からのプロモータ様活性でLacZプラス。

指摘があるようにコロニーからプラスミドをとって確認するのが早いです。

(無題) 削除/引用
No.2353-3 - 2013/09/11 (水) 14:20:56 - おお
信用しても、しなくても実際プラスミドを精製してインサートを見ないと確認できないのでは?

LacZネガティブもうっすら青くなることがありますよ。コロニーPCRがどの様に信用できるか、できないかは過去にかなり議論があります。

(無題) 削除/引用
No.2353-2 - 2013/09/11 (水) 14:09:10 - E
初歩的な事です。
バイオ実験イラストレイテッドにも載っています。

まず、フラグメントのサイズ、フレーム等を考慮してよく考えて
見て下さい。イラストレイテッドを見たことがなければ図書館で
借りて読んで見て下さい。

TAクローニング インサートされているのに青 削除/引用
No.2353-1 - 2013/09/11 (水) 13:26:59 - ルイ
TAクローニングを行っています。
形質転換した大腸菌(JM109)をプレーティングした所、コロニーが10個ほど出てきたのですが、青白判定ができず(青が非常に薄く判別できない)、全てコロニーPCRに持ち込みました。その際、マスタープレートも作りました。
コロニーPCRを行った結果、しっかりとインサートを確認できるものがありました。また、マスタープレートを見てみると今度ははっきりと青白が判別できるようになっていました。しかし、コロニーPCRの結果と合わせてみると、インサートを確認したものの中に青がはっきりと出てきているものがありました。

インサートを含んでいるにもかかわらず、青色を呈することなんてあるのでしょうか?コロニーPCRの結果を信用して進めて良いでしょうか?

vector:pMD20
insert size:1.6kb

実験の流れ
PCR→ゲルからの吸出し精製→エタ沈→ライゲーション→形質転換→プレーティング・・・といった感じです。

よろしくお願いします。

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