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制限酵素サイトから目的のベクターを探すサイト
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No.2345-TOPIC - 2013/09/05 (木) 01:13:33 - EcoRI
お世話になっております。
現在EcoRIがマルチクローニングサイトにあり、NotIおよびSacIで切れないベクターを探しております。どなたかご存知でしたら教えて頂けないでしょうか。NotIとSacIがメジャーな制限酵素ですので調べたベクターのほぼすべてにそれらが入っています。pcr8(invitrogen)のベクターはNotI,SacIが入っていませんが出来ればそれ以外のベクターがありましたら教えて頂きたいです。
このような制限酵素サイトから目的のベクターを探すサイトは存在するのでしょうか?よろしくお願いいたします。
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No.2345-6 - 2013/09/05 (木) 23:46:18 - EcoRI
皆さま貴重なご意見有難うございます!
774様、AP様、ぽぽ様が教えてくださった方法は知りませんでした。
またmon様、AP様、ベクターを教えてくださり有難うございます。
何れかの方法で試してみたいと思います。
有難うございました!
(無題)
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No.2345-5 - 2013/09/05 (木) 17:51:14 -
ぽぽ
使いたいけどNotI、SacIがあるベクターをNotI、SacIで切って、
好みの制限酵素サイトを入れつつnotIとsacIをつぶすようなオリゴと
それに相補的なオリゴを買ってアニーリング、ライゲーションさせるのが
コスト的にも時間的にもいい気がします。
こんな感じです。
ベクター インサート ベクター
**********GC CCGG@@*************@AGCT C**********
**********CGCCGG @@*************@ TCGAG**********
@はNotI、SacIでリカットできないように違う塩基に変えてつぶします。
中はある程度は好きなように作れるのでお勧めです。
(無題)
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No.2345-4 - 2013/09/05 (木) 09:36:17 - AP
pUC8, pUC9
まあ、適当なベクターのNot1, Sac1 サイトを潰すのも難しくないかと。
たとえばpBluescript2だったら、Sac1とNot1(あるいはNot1とEcoR1の間にある認識配列を切る酵素、たとえばBamH1, Sma1, Xba1など)で消化して、T4 DNA polで平滑化、ligation、transformationして得る。
(無題)
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No.2345-3 - 2013/09/05 (木) 06:22:28 - mon
古典的で今はほとんど使われませんが、pBR322
(無題)
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No.2345-2 - 2013/09/05 (木) 06:11:48 - 774
NotIで切断してT4で平滑化してself-ligation、SacIでも同様に。
こうすれば一応、ご希望のベクターになるのかなと。
質問の主旨とは違うので、役に立たなかったらすみません。
制限酵素サイトから目的のベクターを探すサイト
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No.2345-1 - 2013/09/05 (木) 01:13:33 - EcoRI
お世話になっております。
現在EcoRIがマルチクローニングサイトにあり、NotIおよびSacIで切れないベクターを探しております。どなたかご存知でしたら教えて頂けないでしょうか。NotIとSacIがメジャーな制限酵素ですので調べたベクターのほぼすべてにそれらが入っています。pcr8(invitrogen)のベクターはNotI,SacIが入っていませんが出来ればそれ以外のベクターがありましたら教えて頂きたいです。
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