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5'UTRの配列について トピック削除
No.233-TOPIC - 2012/03/01 (木) 09:24:43 - race
いつも勉強させて頂いてます。

現在、タンパクの発現を確認するために、未知の遺伝子の全長を
RACE法を用いて取得したのですが、
5'UTRの配列について疑問が残りましたので、質問させて頂きます。

今回、5'RACEにより決定した配列上に、終止コドンが出現したところで
5'RACEを終了し、その終止コドンより下流で最初に現れるメチオニンを
開始コドンとしました。

開始コドンから転写開始点までは、5'UTR領域となる訳ですが、
この5'UTR領域が、偶然にもすべてアミノ酸をコードしていることは
ありえるのでしょうか？

また、実際にそのような遺伝子をクローニングした経験のある方はおられますか？

遺伝子解析を始めて日が浅く、的を射ていない質問かもしれませんが、
ご回答よろしくお願いします。
　
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.233-5 - 2012/03/02 (金) 09:22:18 - race
ORFさん回答ありがとうございます。

> ちょっと意地悪かもしれませんが、
> オペロンだと、１つのＲＮＡから複数のタンパクが発現しますね。

真核生物を扱っていたので、特に気にしていなかったのですが、
調べると真核にも存在するみたいですね。以後頭に入れておきます。

> （オペロンではないとして、）
> ここからは普通に考慮すべきことですが、
> ・翻訳開始コドンはＡＴＧだけとは限らず、例外もあります（ＣＴＧなど）。
>
> ・ＡＴＧの周辺の配列が、ｒＲＮＡによる認識効率が悪いと、
> 　より下流のＡＴＧから翻訳されることもある。
> 　Leaky scanning や Kozak sequence などがキーワードです。
>
> ・1st Exonなどにスプライシングバリアントを持つ遺伝子も多くあります。

開始コドン前後の配列が鍵になるという事ですね。
今回得られたキーワードを基にもう少し勉強してみます。

TK-1さん、ORFさん　ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.233-4 - 2012/03/02 (金) 01:48:41 - ORF
ちょっと意地悪かもしれませんが、
オペロンだと、１つのＲＮＡから複数のタンパクが発現しますね。


（オペロンではないとして、）
ここからは普通に考慮すべきことですが、
・翻訳開始コドンはＡＴＧだけとは限らず、例外もあります（ＣＴＧなど）。

・ＡＴＧの周辺の配列が、ｒＲＮＡによる認識効率が悪いと、
　より下流のＡＴＧから翻訳されることもある。
　Leaky scanning や Kozak sequence などがキーワードです。

・1st Exonなどにスプライシングバリアントを持つ遺伝子も多くあります。

(無題) 削除/引用
No.233-3 - 2012/03/01 (木) 11:42:54 - race
>TK-1さん

返信ありがとうございます。

> 何に基づいてこの方法を採用したんですか？

5'RACE法による全長解析については書籍で調べました。
開始コドンの解釈につきましては文献等ではなくBlast searchによる
配列の類似性から独自で行ったのですが、
間違いまたは危ない解釈の方法でしょうか？

> UTRはアミノ酸をコードしません。そもそもこの”UTR”を上記のような方法で決めることに意味があるのでしょうか。

開始コドン以降からアミノ酸はコードされるということですよね・・申し訳ありません。
UTR領域の決定にもRACE法が使用されているみたいなのですが、私のやり方では
意味が無いということでしょうか？

今回はORF領域が欲しいだけなので、UTRを決定することが目的ではないのですが、
UTR領域にメチオニンが存在し、翻訳開始点が2つ存在しているということが起こるのかな
と疑問に思い投稿しました。

(無題) 削除/引用
No.233-2 - 2012/03/01 (木) 09:31:35 - TK-1
> 今回、5'RACEにより決定した配列上に、終止コドンが出現したところで
> 5'RACEを終了し、その終止コドンより下流で最初に現れるメチオニンを
> 開始コドンとしました。
何に基づいてこの方法を採用したんですか？

>
> 開始コドンから転写開始点までは、5'UTR領域となる訳ですが、
> この5'UTR領域が、偶然にもすべてアミノ酸をコードしていることは
> ありえるのでしょうか？
UTRはアミノ酸をコードしません。そもそもこの”UTR”を上記のような方法で決めることに意味があるのでしょうか。

5'UTRの配列について 削除/引用
No.233-1 - 2012/03/01 (木) 09:24:43 - race
いつも勉強させて頂いてます。

現在、タンパクの発現を確認するために、未知の遺伝子の全長を
RACE法を用いて取得したのですが、
5'UTRの配列について疑問が残りましたので、質問させて頂きます。

今回、5'RACEにより決定した配列上に、終止コドンが出現したところで
5'RACEを終了し、その終止コドンより下流で最初に現れるメチオニンを
開始コドンとしました。

開始コドンから転写開始点までは、5'UTR領域となる訳ですが、
この5'UTR領域が、偶然にもすべてアミノ酸をコードしていることは
ありえるのでしょうか？

また、実際にそのような遺伝子をクローニングした経験のある方はおられますか？

遺伝子解析を始めて日が浅く、的を射ていない質問かもしれませんが、
ご回答よろしくお願いします。
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