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二次元電気泳動における阻害物質について トピック削除
No.2328-TOPIC - 2013/08/27 (火) 15:05:23 - kt
何時も勉強させていただいています。

少し前から、二次元電気泳動を用いたプロテオーム解析に取り組んでいます。
どうしても泳動結果が横方向のすじ状になってしまうため、ご助言をいただきたいと思いました。

参考書やハンドブックでは、横方向のすじの原因として、塩がよく挙げられています。
しかし、TCA/アセトン沈殿後、再懸濁してスピンカラムを用いた脱塩を行っても、すじ状になってしまいます。特に、酸性側の高分子領域が顕著です。
他の原因として、多糖類について考えたのですが、
超遠心分離は多糖の除去に効果はありますか?

また、超遠心分離により、タンパク質も沈殿するのでしょうか。
あるいは、他の阻害物質が影響しているのでしょうか。

サンプルは、白色腐朽菌を固体培養した後、得られた培地に、100mM酢酸バッファー(pH5.0)を添加して抽出したものを用いています。

初歩的な質問かもしれませんが、
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2328-2 - 2013/08/27 (火) 21:04:51 - 名無し
酸性側のテーリングって珍しいね。塩基性側ならよくあるけど。この場合は原因は泳動中のSH基の再酸化がおおいので、還元だけでなくアルキル化までやってから泳動するとだいぶ改善する事が多いんだが。

陽極あるいは陰極側からアプライしてるのかな?それともゲルストリップ全体にしみ込ませるやり方かな。陽極側からアプライする方法だと酸性蛋白質が不溶化してゲルのトップのあたりで沈殿おこして上手く泳動されにくくなることがある。陰極側からアプライしてみることで改善する場合がある。

二次元電気泳動における阻害物質について 削除/引用
No.2328-1 - 2013/08/27 (火) 15:05:23 - kt
何時も勉強させていただいています。

少し前から、二次元電気泳動を用いたプロテオーム解析に取り組んでいます。
どうしても泳動結果が横方向のすじ状になってしまうため、ご助言をいただきたいと思いました。

参考書やハンドブックでは、横方向のすじの原因として、塩がよく挙げられています。
しかし、TCA/アセトン沈殿後、再懸濁してスピンカラムを用いた脱塩を行っても、すじ状になってしまいます。特に、酸性側の高分子領域が顕著です。
他の原因として、多糖類について考えたのですが、
超遠心分離は多糖の除去に効果はありますか?

また、超遠心分離により、タンパク質も沈殿するのでしょうか。
あるいは、他の阻害物質が影響しているのでしょうか。

サンプルは、白色腐朽菌を固体培養した後、得られた培地に、100mM酢酸バッファー(pH5.0)を添加して抽出したものを用いています。

初歩的な質問かもしれませんが、
よろしくお願いします。

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