Bio Technical フォーラム

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TALEN ノックアウト トピック削除
No.2315-TOPIC - 2013/08/22 (木) 12:58:48 - shinjuku
基礎実験の初心者です。現在、新プロジェクトを構想しています。これまで施行したことのないTALENに注目しています。TALENを用いて特定染色体の50kb長程度の領域をdeletionすることは可能でしょうか。TALENによるgenome editing (deletion)に領域の長さの制限などはあるのでしょうか。文献をあたっているのですがよくわかりません。基本的なことで申し訳ございませんがご教授をお願い致します。
 
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No.2315-7 - 2013/08/24 (土) 05:09:52 - shinjuku
皆様コメントありがとうございます。
こまむしさんのおっしゃる通り、結論としてはある程度の大きさのDeletionは可能のようです。Frequencyは低いですが2ヶ所を切断してMbオーダーで報告がありました。とにかく更にいろいろと情報を集めてよく検討してみます。

Nat Biotechnol. 2013 Mar;31(3):251-8. doi: 10.1038/nbt.2517. Epub 2013 Feb 17.

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No.2315-5 - 2013/08/23 (金) 15:58:13 - おお
こまむしさんべんきょうになりました。

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No.2315-4 - 2013/08/23 (金) 15:45:08 - こまむし
http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/06/06/nar.gkt464.full

え、出来うると思いますけど。

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No.2315-3 - 2013/08/23 (金) 12:43:40 - おお
50kbpのdeletionであれば一か所にDSBを入れてもまずできないかと思います。削りたい両端に2 setsのTALENを使い2か所のDSBをいれると削り取れるかどうかというなら、ちょっと話が違ってきますが、、、ちょっと距離が遠いので、両端を修復酵素が認識してくれるだろうかと、、、
両端の配列が結合した最終的な配列のDNAを同時に導入してやればホモロガスリコンビネーションされるかしらとか、、、
そんな感じでちょっとチャレンジングな気がします。答えになってなくてすいません。

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No.2315-2 - 2013/08/23 (金) 09:49:48 - AP
結局、二重鎖切断(DSB)を起こして、その修復エラーで突然変異を入れるという方法ですよね。
TALENに限って文献をあたるんじゃなくて、DSB修復とエラーに関する論文ならたくさんあると思いますが。

DSB修復エラーで50 kbの欠失というのはありえないわけではないですが、非常に(天文学的に)確率が低いということは言えます。相同組換え修復系のmutantを使うとか、相同組換え修復の鋳型となるベクター(ターゲティングベクター)を共存させるとかすると確率をあげられるのかもしれませんが、実際のところは知りません。

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No.2315-1 - 2013/08/22 (木) 12:58:48 - shinjuku
基礎実験の初心者です。現在、新プロジェクトを構想しています。これまで施行したことのないTALENに注目しています。TALENを用いて特定染色体の50kb長程度の領域をdeletionすることは可能でしょうか。TALENによるgenome editing (deletion)に領域の長さの制限などはあるのでしょうか。文献をあたっているのですがよくわかりません。基本的なことで申し訳ございませんがご教授をお願い致します。

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