BioTechnicalフォーラム [原核生物のプラスミド]

原核生物のプラスミド

No.2296-TOPIC - 2013/08/15 (木) 10:54:20 - みな

いつも勉強させていただいています。

大腸菌などの原核生物では、核様体の外にプラスミドが存在しますよね。
にもかかわらず、それらプラスミドがヌクレアーゼによって分解されないのは、プラスミドにヌクレアーゼの認識配列がないからという理解で正しいでしょうか。大腸菌にプラスミドを入れて、ミニプレップをしているときにふと思ってしまいました。
よろしくお願いします。
　

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No.2296-13 - 2013/08/20 (火) 13:44:52 - みな

みなさん、お返事ありがとうございます。

いろいろ調べてみましたが、よくわからなかったので、細胞の中でメチル化などの修飾が起きているんだろうということで、とりあえず納得しました。

でも。。。

functionalなDNAは複製されたり修復されることで、動的安定性を維持しているということだけでないか？

っていうのが、よくわかりませんでした。

> 色々と想像しながら考える姿勢があるので、研究者としてのある程度の資質はあると思いますが、

ありがとうございます！

卒論がんばります☆

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No.2296-12 - 2013/08/17 (土) 17:16:34 - AP

おちついてよく読んで。「ペリプラズム酵素でplasimid調製時の溶菌したときに問題となります」と書かれているではないですか。
EndAは分泌性のnucleaseであって外来であろうと内在性であろうと細胞内の核酸に対しては影響ないです。精製する過程で溶菌した時に核酸を分解するチャンスがあるので、欠失させてあるということ。

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No.2296-11 - 2013/08/17 (土) 16:16:29 - おお

http://www.google.com/search?q=ペリプラズム&client=safari&rls=en&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ei=cCIPUsvZL-qGyAGV_4E4&ved=0CAkQ_AUoAQ&biw=1317&bih=672

色々と想像しながら考える姿勢があるので、研究者としてのある程度の資質はあると思いますが、まずは提示されている語句にかんしては想像しないで、わからなかったらちゃんと調べてから考えた方がいいと思いますが、、、

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No.2296-10 - 2013/08/17 (土) 16:02:29 - みな

> ちなみにEndA nucleaseはペリプラズム酵素でplasimid調製時の溶菌したときに問題となります。なので通常のクローン化用大腸菌では変異を入れて有りますね。

あ。。。monさんがおっしゃったように、クローニング用の大腸菌には、外来のプラスミドを分解できないような変異が入っているということなんかな？

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No.2296-9 - 2013/08/17 (土) 15:58:02 - みな

みなさま、お答えいただきありがとうございます。

> そもそも核様体のなかだからそとだからというのは関係ないだろう。
> プラスミドだって宿主ゲノムと同じように複製もされ転写もされるのだから。

APさん、核外のプラスミドは何から保護されているのですか。

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No.2296-8 - 2013/08/16 (金) 13:17:19 - AP

DNaseIは原核生物にはなかったかな？

そもそも核様体のなかだからそとだからというのは関係ないだろう。
プラスミドだって宿主ゲノムと同じように複製もされ転写もされるのだから。
細胞の中ではゲノムであろうとプラスミドであろうと、functionalなDNAは複製されたり修復されることで、動的安定性を維持しているということだけでないか？

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No.2296-7 - 2013/08/16 (金) 12:53:33 - AP

>プラスミドにヌクレアーゼの認識配列がないからという理解で正しいでしょうか。

ちがうでしょう。認識配列依存的なヌクレアーゼばかりではないのですから（DNase Iとか）。

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No.2296-6 - 2013/08/16 (金) 10:04:16 - mon

制限修飾系は以下に記載がありますね。
http://www.promega.co.jp/jp/jp_tech/FAQs/Q&A_Ecoli.htm
Q. バクテリアDNAの制限・修復システムが大腸菌内のDNAのクローニングおよび操作に与える影響は？
ちなみにEndA nucleaseはペリプラズム酵素でplasimid調製時の溶菌したときに問題となります。なので通常のクローン化用大腸菌では変異を入れて有りますね。

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No.2296-5 - 2013/08/15 (木) 15:22:20 - おお

制限修飾系は確かに働いていると思います。現にたとえばPCR産物とかまんまるのゲノムをベクターに入れるといくらか効率がおちます。また違う菌(枯草菌とか)や株(大腸菌ならK株とかB株とか)にいれると、同じ菌体からとったプラスみドより効率が極端に悪いです。

ただ制限修飾系の以外のヌクレアーゼもあるわけで、そう言うのにアタックを受けないというなら、やはりなんらかの蛋白などで保護されているのだろうなぁとおもいます。

染色体はnucleoidという蛋白との複合体で存在します。プラスミドは同じnucleoidをつくりメカニズムとして共有しているのか、あるいは違うメカニズムなのかなど私はよくわかりません。

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No.2296-4 - 2013/08/15 (木) 14:54:18 - みな

おおさん、

大腸菌内でメチル化されるから。。。ですか？

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No.2296-3 - 2013/08/15 (木) 14:02:17 - おお

もしそうなら、特定の配列をもったDNAはベクターに組み込めなくなると思いますよ。

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No.2296-2 - 2013/08/15 (木) 13:39:36 - おお

うーんそうじゃないと思いますが、、、