Bio Technical フォーラム

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sonicated in boiling  1%SDSって トピック削除
No.2270-TOPIC - 2013/08/07 (水) 16:33:41 - しま
 いつもお世話になっております。
 試料の調整を行うに当たり、先行文献を参考にしています。
 −80度にて保存(エッペンドルフチューブ内 400μmくらいの厚めの組織標本をKrebs−HCO3−バッファにつけて実験後、ドライアイスで凍結)してあるものを、sonicated  in boiling 1%SDS containg 50mM NaFとあります。
 リン酸化が関わるタンパクを観たいので、NaFはいいとして、恥ずかしながら、boilingに用いる器具がイメージできません。
 古い記載では、やかんでお湯を沸かしているところで湯煎している、なんてのを見つけましたが、SDSをあっためておく(毒性、大丈夫ですか?)のには使えそうでも、超音波粉砕しながら加熱するイメージがわかないのです。特殊な機械を購入する必要があるのでしょうか。
 器具洗浄用の小さな超音波洗浄機はあるのですが、そこにお湯を入れて茹でるのですか?
 当方お金がなく、他のラボの器具をお借りすることはできます。安いものなら、繊細な試料なので購入も検討します。
 
 今週、図書館が閉館中で、手元にある資料には、タンパク調整の部分があまりありません。来週からは図書館等でしらべられますので、勉強するにはこの本を読みなさい、というご紹介も有難いです。

 
 
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No.2270-7 - 2013/08/08 (木) 22:54:05 - 名無し
このアクロバット処理するサンプルって、そのあと何使うの?電気泳動/ウェスタンとか。それによって論文のこの指示にをどのくらい忠実に従うかかが変わってくるような気がする。

迅速な情報、誠にありがとうございます。 削除/引用
No.2270-6 - 2013/08/07 (水) 17:19:22 - しま
APさま、おおさま、ありがとうございます。

>ぼいるした(ヒートブロックで90-95度にあたためた)SDS溶液をくわえて即座にそにケーしょんぐらいでいいんじゃないでしょうか。そにけーしょん中はあまり温度はきにしなくても。

>そにケーしょん後にもう一度ボイルする

・・・多分、おお様のコレが論文の素直な読み方だと思われます。なぜなら、その後10分更に茹でる、と書いてありますので。
 何分くらいソニケーションする(つまり、ソニケーションの間に温度が下がる事を考慮するべきなのか)のかわかりませんが、念を入れるなら、原法に近いサイズの標本を作ってみて、私の作るサイズの標本での結果と比較する作業が安全そうですね。

 むしろ氷冷する文献もあったので、何だか混乱してました。熱いSDSを入れて解凍+タンパク変性を同時に狙っているのですね。


 AP様のご教授してくださったプローベも考えてみます。ラボの先生がお持ちかもしれません。

 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2270-5 - 2013/08/07 (水) 17:03:54 - おお
SDSのどくせいは、エアゾルが飛ぶことを気にしているのなら、沸騰させないで90度ぐらいに設定してふたができて、ふたが飛ばないようなものでえっぺんでロックするとか、boil proofのものとかをつかって、扱うときはマスクをしておけばかなり防げると思います。

(無題) 削除/引用
No.2270-4 - 2013/08/07 (水) 16:59:33 - おお
酵素反応を止めたいということだろうとおもうので、あまり深く考えないでいいかとおもいますが、ボイルした状態でそにケーしょんするとすぐに飛び散ってしまいそうなきもしますね。

ぼいるした(ヒートブロックで90-95度にあたためた)SDS溶液をくわえて即座にそにケーしょんぐらいでいいんじゃないでしょうか。そにけーしょん中はあまり温度はきにしなくても。

そにケーしょん後にもう一度ボイルするか、途中で何回か中断してボイルするとよりいいとはおもいますが。

SDS溶液はたまにえっペンのふたをロックして90-95度ぐらいに温めたりはしますけど。

えっとあと洗浄機のそにけーたーで蛋白のライせーとつくっているひといるのかなぁ。

さすがに超音波洗浄機の水槽は90度とか高熱で使う設計にはなってないような気がしますので(かけっぱなしでかなり熱くなることはありますけど)規格をみておいたほうがいいとおもいますが。

(無題) 削除/引用
No.2270-3 - 2013/08/07 (水) 16:52:08 - AP
>器具洗浄用の小さな超音波洗浄機はあるのですが、そこにお湯を入れて茹でるのですか?

じゃなくて、プローブ式のソニケータを使う。もしくはポリトロンタイプ

(無題) 削除/引用
No.2270-2 - 2013/08/07 (水) 16:50:20 - AP
いろいろなプロトコールから常識的に考えても、本当に火にかけてボイルしろというのではなく、チューブに入れて沸騰水浴しろということだと思いますが。
手段としては、
・昔ながらのビーカー、三脚、バーナーまたはアルコールランプで、
・95-100℃のヒートブロック(ブロックヒーター)で
・電気鍋(鍋物や焼肉用)、電気フライヤーに水をはって

sonicated in boiling  1%SDSって 削除/引用
No.2270-1 - 2013/08/07 (水) 16:33:41 - しま
 いつもお世話になっております。
 試料の調整を行うに当たり、先行文献を参考にしています。
 −80度にて保存(エッペンドルフチューブ内 400μmくらいの厚めの組織標本をKrebs−HCO3−バッファにつけて実験後、ドライアイスで凍結)してあるものを、sonicated  in boiling 1%SDS containg 50mM NaFとあります。
 リン酸化が関わるタンパクを観たいので、NaFはいいとして、恥ずかしながら、boilingに用いる器具がイメージできません。
 古い記載では、やかんでお湯を沸かしているところで湯煎している、なんてのを見つけましたが、SDSをあっためておく(毒性、大丈夫ですか?)のには使えそうでも、超音波粉砕しながら加熱するイメージがわかないのです。特殊な機械を購入する必要があるのでしょうか。
 器具洗浄用の小さな超音波洗浄機はあるのですが、そこにお湯を入れて茹でるのですか?
 当方お金がなく、他のラボの器具をお借りすることはできます。安いものなら、繊細な試料なので購入も検討します。
 
 今週、図書館が閉館中で、手元にある資料には、タンパク調整の部分があまりありません。来週からは図書館等でしらべられますので、勉強するにはこの本を読みなさい、というご紹介も有難いです。

 

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