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タンパク質の分解について トピック削除
No.2236-TOPIC - 2013/07/28 (日) 03:20:08 - タンパク質分解
みなさま
平素はお世話になっております。

この度、データの解釈に困っており、ここでご意見伺わせていただければと思います。
ちなみに私自身のデータではなく、最近報告されたImmunityの論文を読んで思ったことです。

あるユニークな細胞内タンパク質XはT細胞に発現しています。
このT細胞をシクロヘキシミド処理を行い、タンパク質の新規翻訳を止めた上で、タンパク質Xの細胞内染色を行うと、T細胞の一部にタンパク質Xが速やかに消失するサブセット（T細胞群A）と、シクロヘキシミド処理にも関わらずタンパク質Xが安定に存在するサブセット（T細胞群B）があることがわかりました。

シクロヘキシミド処理をしない場合には両サブセット間でのタンパク質Xの量は変わりません。

そこで私は、T細胞群Aでは、タンパク質XのmRNAの発現量がT細胞群Bに比べ、著しく高いのではないかな？と（当然？）予想しました。なぜならシクロヘキシミド処理しない場合には両サブセット間では差がないので。

ところがFigureを読み進めると、タンパク質XのmRNAの発現量は、T細胞群Bに比べ、T細胞群Aの方がむしろ著しく低下していました。

このような事実があるのに、なぜシクロヘキシミド未処理の場合に両サブセット間でのタンパク質発現量は同程度に維持できるのでしょうか？？

みなさまのご意見が聞きたいです。よろしくお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.2236-6 - 2013/07/29 (月) 06:43:39 - ttt
詳細不明なので一般的な話しか出来ませんが、そういうことがあり得るかと訊かれたらあり得るでしょうね。
例えば、複合体を作って初めて構造的に安定化するタンパクとかだと、複合体を効率よく作れる細胞ではそのタンパクは安定化して寿命が長くなる、かつ濃度に関してフィードバックが働いてれば転写に抑制がかかるかもしれません。
逆に、複合体形成が悪い細胞ではタンパクを一生懸命作っても、不安定で直ぐに分解されてしまうために転写も上げて維持せざるを得ない、とか。

(無題) 削除/引用
No.2236-5 - 2013/07/29 (月) 06:21:49 - おお
まあ誰が質問したかということがしぼられてしまい、それがあまり気分がよくなければ、具体的な話はしたくないかもしれませんけど、、、そうなると回答側がチェック事項を提示して確認しながら進めていかなければというちょっとめんどくさいことにもなるので、回答しにくいとふまんがでるのもわかりますし、回答するひともすくなくなる、正確な回答がえられない可能性も高くなるのも本当でしょうし、、、

(無題) 削除/引用
No.2236-4 - 2013/07/28 (日) 10:33:56 - TK-1
そもそもpublishされたものを、あるユニークな細胞内タンパク質X、などと曖昧にすることに何の意味があるんですか？

(無題) 削除/引用
No.2236-3 - 2013/07/28 (日) 10:00:21 - qq
あなたの感想に対しての質問ですか？それとも論文自体に対する質問でしょうか？
どうせImmunityを全文読めませんが、当該文献のtitle他の文献データ（pm-idも可）を教えてくれない？

＞mRNAの発現量は、T細胞群Bに比べ、T細胞群Aの方がむしろ著しく低下していました。
＞このような事実があるのに、なぜシクロヘキシミド未処理の場合に両サブ
＞セット間でのタンパク質発現量は同程度に維持できるのでしょうか？？
一般論として、そんなこともあるのではないでしょうか。
Xが速やかに消失するサブセット（T細胞群A）とは書いてあるものの、A群とB群を分ける方法は、Xの発現量ではないですよね。そのあたりも読んでいないと判らない。

(無題) 削除/引用
No.2236-2 - 2013/07/28 (日) 05:38:00 - おお
シクロヘキシミドの2次的な作用を見ている可能せい。

mRNA翻訳効率の違い

mRNAにそのタンパクの実験系で検出されないisoformが含まれている場合

そのタンパクの修飾の変化により、抗原せいがかわり、タンパク量の変化を正確にとらえてない可能せい

タンパク質の分解について 削除/引用
No.2236-1 - 2013/07/28 (日) 03:20:08 - タンパク質分解
みなさま
平素はお世話になっております。

この度、データの解釈に困っており、ここでご意見伺わせていただければと思います。
ちなみに私自身のデータではなく、最近報告されたImmunityの論文を読んで思ったことです。

あるユニークな細胞内タンパク質XはT細胞に発現しています。
このT細胞をシクロヘキシミド処理を行い、タンパク質の新規翻訳を止めた上で、タンパク質Xの細胞内染色を行うと、T細胞の一部にタンパク質Xが速やかに消失するサブセット（T細胞群A）と、シクロヘキシミド処理にも関わらずタンパク質Xが安定に存在するサブセット（T細胞群B）があることがわかりました。

シクロヘキシミド処理をしない場合には両サブセット間でのタンパク質Xの量は変わりません。

そこで私は、T細胞群Aでは、タンパク質XのmRNAの発現量がT細胞群Bに比べ、著しく高いのではないかな？と（当然？）予想しました。なぜならシクロヘキシミド処理しない場合には両サブセット間では差がないので。

ところがFigureを読み進めると、タンパク質XのmRNAの発現量は、T細胞群Bに比べ、T細胞群Aの方がむしろ著しく低下していました。

このような事実があるのに、なぜシクロヘキシミド未処理の場合に両サブセット間でのタンパク質発現量は同程度に維持できるのでしょうか？？

みなさまのご意見が聞きたいです。よろしくお願いします。
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