Bio Technical フォーラム

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shRNA配列の長さ トピック削除
No.2215-TOPIC - 2013/07/19 (金) 12:17:06 - 細胞生物学大学院生
いつもお世話になっています。

pSUPERのH1プロモーターを使用したshRNAベクターを使用しています。
(H1プロモーターをpGEMに移植したもの)

pSUPERのプロトコルを見たところ、挿入するsense鎖とanti-sense鎖は19ntとありますが、23ntでは長すぎるでしょうか。

shRNAのsense鎖とanti-sense鎖の長さを調べていたところ、21-23ntとなっている資料を見たので、23ntでベクターに挿入するオリゴを発注したのですが、pSUPERのプロトコルを後から読んで不安になりました。

みなさんご回答をよろしくお願いします。
 
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レスありがとうございます。 削除/引用
No.2215-3 - 2013/07/20 (土) 14:34:52 - 細胞生物学大学院生
ご返信ありがとうございます。

ほっとしました。
良かったです。

今シーケンスの結果待ちの段階なので、一度トランスフェクションしてみます。
これでうまくノックダウンされなかったら、ベクターを購入してみます。
アドバイスをありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.2215-2 - 2013/07/19 (金) 18:11:48 - MP
問題ないと思います。
ただ老婆心ながら、コンストラクションやシークエンス確認の手間、ノックダウンの確実性などを考えると、お金に余裕があるならばプラスミドを買ってしまったほうがよいかもしれません。
もちろん売られてない種だったり、トレーニングが目的であれば話は別ですが、、、。

shRNA配列の長さ 削除/引用
No.2215-1 - 2013/07/19 (金) 12:17:06 - 細胞生物学大学院生
いつもお世話になっています。

pSUPERのH1プロモーターを使用したshRNAベクターを使用しています。
(H1プロモーターをpGEMに移植したもの)

pSUPERのプロトコルを見たところ、挿入するsense鎖とanti-sense鎖は19ntとありますが、23ntでは長すぎるでしょうか。

shRNAのsense鎖とanti-sense鎖の長さを調べていたところ、21-23ntとなっている資料を見たので、23ntでベクターに挿入するオリゴを発注したのですが、pSUPERのプロトコルを後から読んで不安になりました。

みなさんご回答をよろしくお願いします。

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