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(無題) 削除/引用 No.2199-9 - 2013/07/17 (水) 10:17:28 - mu 皆様 ありがとうございます。 大変参考になりました。 なるほど。大腸菌内でおかしなことが起こる可能性はがあるということは、 クローニング後、シーケンス読んでチェックすれば、 確実にオリゴ自体の配列がわかるというものでもないのですね。 業者に問い合わせた返答から、大手で、 ある程度実績から、ミューテーションが入る確率は低いと思う と行ってきた所をとりあえず選ぼうと思っております。（結果はさておき） ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2199-8 - 2013/07/16 (火) 22:00:58 - 中年 私の経験したエラーはほとんどがポイントミューテーション（置換）でした。最終産物に保護基が残っていて、それが大腸菌内でおかしな修復を受けるのが原因だと思っている理由の一つです。

(無題) 削除/引用 No.2199-7 - 2013/07/16 (火) 14:00:57 - mbb 100mer程度であれば、頑張って化学合成しているんだと思いますので ポイントミューテーションというのは殆どありえないと思います。 もし起こるとすれば、液の経路が汚れていたりとか、試薬瓶をとりちが えたとか、依頼された配列の入力ミスであるとか、そんなところでは ないかと思います。 短い配列のものは、どうしても長鎖になると反応効率が落ちるる上 精製しにくくなるので、わずかな混入は避けられないと思います。

(無題) 削除/引用 No.2199-6 - 2013/07/16 (火) 12:58:48 - Q 業者に問い合わせた方がよりよい情報を得られるのではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2199-5 - 2013/07/16 (火) 10:00:50 - mu 申し訳ありません。 もうひとつお聞きしたいのですが、 エラーが入る場合というのは、ポイントミューテーションが入ってくる ことはあるのでしょうか？ 単に短い不完全長オリゴが混じり込むだけなのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2199-4 - 2013/07/16 (火) 09:46:54 - mu ありがとうございます。 やはりロット差があるのですね。 複数ロット発注かけるか悩む所ですが・・。 しかし、会社によって差がないようですので、納期と値段で 決めてしまいたいと思います。 タカラのサービスは、人工遺伝子合成というものではないかと思いますが、 これは100％mutationなし、数kb以上のロングも可能、とのことですが 1本鎖DNAは不可な技術らしく、残念ながら自分の実験には使用できないようです。 なかなか難しいものです。

(無題) 削除/引用 No.2199-3 - 2013/07/15 (月) 23:55:39 - おお 昔タカラが1kbぐらいまでの合成をしてて、そのフラグメントを直接細胞に入れて発現させたりという使用方法をうたってました。 エラーの関しては99.なんとか%とかいってましたが、訳が分からないので100ベースしらべると100-99.なんとかのエラーがあるのか、100フラグメントしらべると100-99.なんとかがエラーがあるフラグメントなのかと問いただすと、おとなしくなっちゃいました。。。 いまタカラはそう言う非常にながいDNA合成をしているかどうかわかりませんが、そう言う会社は何社かあるので(国内に限るとどうかわからないですが)そう言うとこで相談してみるのもてかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.2199-2 - 2013/07/15 (月) 23:01:28 - 中年 同じ発注先でもロット差が大きいと思います。80nt程度のものを使うことが頻繁にあるのですが、数クローンの配列が全てエラーフリーの場合と、何クローンも拾ってやっとエラーフリーのものが取れる場合とがあります。数社試して同じような経験です。トラブルの多少が統計的に言えるほどの例数ではありません。 エラーと言っても、文字通りの合成エラーではなく、脱保護が不十分で最終産物に保護基が残っていて、それが大腸菌内でおかしな修復を受けるのが原因ではないかと思っています。

100mer以上のロング鎖オリゴDNA 削除/引用 No.2199-1 - 2013/07/15 (月) 22:03:02 - mu 現在、100mer以上のオリゴDNAを発注しようと思っているのですが、 このような場合、100％mutationが入っていない確率というのは どのくらいのものなのでしょうか？ Sigma、北海道システムサイエンスなど発注可能な会社はいろいろありますが、 どこも高品質／しかし保証無しという、なんとも判断しがたい状況なので。 精製法は一緒の様ですが・・・。 できるだけmutationの入らないものを発注かけたいのですが、 実際発注して、この会社がよかったなど情報お聞かせいただけるとありがたいです。

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