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(無題) 削除/引用 No.2183-8 - 2013/07/10 (水) 17:22:51 - MS おおさま、tttさま 御教授ありがとうございます。 ある細菌の糖タンパク質が宿主のレクチンに結合するだろうと推測しています。 植物レクチンを使ったレクチンアレイなどはあるのですが、動物レクチンで、ある程度網羅的に、細菌との結合を見る方法はありますか。 レクチンに限らず、細菌と宿主分子との結合を網羅的に見たい場合、感染させた細胞などを用いてMSなどができるのでしょうか。。。

(無題) 削除/引用 No.2183-7 - 2013/07/10 (水) 14:34:14 - なないし 過去の同系統の研究の論文をしらみつぶしに調べるのが面倒なので、ネットで聞いているようにお見受けしますが、急がば回れかと。

(無題) 削除/引用 No.2183-6 - 2013/07/10 (水) 11:19:23 - おお >[Re:4] MSさんは書きました : > おおさま > > 御教授、誠にありがとうございます。 > ＞おそらくそのバクテリアの表面に提示されているでしょうけど、それがタンパクなのか何か糖質なのかリピッドなのかとか検討がついているのでしょうか? > > 糖タンパクです。 糖タンパクと言い切れるところがちょっとひっかかるのですが、実験根拠があるということならまあいいですけど。 > 宿主分子はある程度、特定しております。 ある程度ですか、、、もし以下のことがやりたかったらちゃんと特定されていることが前提となります。よほどうまくストラテジーをねれば未知のものでもしかしたらできなくもないかもしれませんけど。 > 精製してバクテリアのライセートと混ぜてしんわせいの高い分子を見つければいいわけで、そうするとまあタンパクでなくても拾えてくることはのぞめます。そういう場合タンパクであってもなくても、MSは有効な手段だと思います。 > の、具体的な方法がわかりまｍせん。 protein interaction を見る系を応用しているだけです。いろんな系がありますので(すでに示されているファーウエスタンもふくめ)protein interaction でいろいろ調べてみてはどうでしょうか。プルダウンやimmunoprecipitationなどがよくやられてますがこれに限らなくてもいいかと思います。

(無題) 削除/引用 No.2183-5 - 2013/07/10 (水) 09:10:00 - ttt 門外漢なので見てきたようなことは言えませんが、ネットで検索してみたら結構簡単に過去の例は見つかりますよ。例えば、尿路感染性大腸菌の細胞接着因子の一つFimHの宿主側の因子がβ1-integrinらしいということを報告した論文では、PurifyしたFimHを用いてFar-westernを使って結合を確認、PVDFから抽出後MSでIntegrinと同定しているようです。 この場合は変性タンパクが結合能を保持していたことが幸いしたのでしょうし、 MSさんの場合はバクテリア側の因子が同定されてるのかどうかはわかりませんので状況は違うと思いますが、もう少しその分野の色々な過去の例を調べてみるのが一番良いかと思われます。 その分野に蓄積されたノウハウとか共有知みたいなものもあるし、仮に論文にしたとして、レビューワーはそういう観点からコメントすると思うので。

(無題) 削除/引用 No.2183-4 - 2013/07/10 (水) 08:36:31 - MS おおさま 御教授、誠にありがとうございます。 ＞おそらくそのバクテリアの表面に提示されているでしょうけど、それがタンパクなのか何か糖質なのかリピッドなのかとか検討がついているのでしょうか? 糖タンパクです。 ＞例えばそのバクテリアの変遺体で細胞に侵入できないものを見つけるとか、いうのも方法論とおもいます。 はい、そのような方法も有用だと思います。 ＞もっと大雑把で直接的な方法でしたら、宿主分子(特定しているんだと思いますが)を精製してバクテリアのライセートと混ぜてしんわせいの高い分子を見つければいいわけで、そうするとまあタンパクでなくても拾えてくることはのぞめます。 そういう場合タンパクであってもなくても、MSは有効な手段だと思います。 宿主分子はある程度、特定しております。 精製してバクテリアのライセートと混ぜてしんわせいの高い分子を見つければいいわけで、そうするとまあタンパクでなくても拾えてくることはのぞめます。そういう場合タンパクであってもなくても、MSは有効な手段だと思います。 の、具体的な方法がわかりまｍせん。 宿主分子を精製してバクテリアのライセートと混ぜてMSで解析することはできるのでしょうか。他の方法は具体的にどのようになりますでしょうか。 参考文献等ありましたら、幸いです。 何卒、宜しくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.2183-3 - 2013/07/10 (水) 08:34:39 - qk >今までは宿主分子間の結合を主に見てきたため、宿主分子と細菌との結合をどのように調べたらよいか、わからずにおります。 ？ その経験があるのに、何がわからないのかわかりません。 研究をやってきたのですよね？？？

(無題) 削除/引用 No.2183-2 - 2013/07/10 (水) 07:06:38 - おお おそらくそのバクテリアの表面に提示されているでしょうけど、それがタンパクなのか何か糖質なのかリピッドなのかとか検討がついているのでしょうか? やれる事はおそらく視点をかえると変える事に方法がおもいつくとおもいますが、、、 例えばそのバクテリアの変遺体で細胞に侵入できないものを見つけるとか、いうのも方法論とおもいます。 もっと大雑把で直接的な方法でしたら、宿主分子(特定しているんだと思いますが)を精製してバクテリアのライセートと混ぜてしんわせいの高い分子を見つければいいわけで、そうするとまあタンパクでなくても拾えてくることはのぞめます。 そういう場合タンパクであってもなくても、MSは有効な手段だと思います。 あとは運とセンスではないでしょうか

宿主分子と細菌との結合の有無 削除/引用 No.2183-1 - 2013/07/09 (火) 18:19:49 - MS 細菌がある宿主分子との結合を介して、細胞に侵入するのかどうかを調べるため、細菌がある宿主分子に結合するのかを調べたいと考えております。 今までは宿主分子間の結合を主に見てきたため、宿主分子と細菌との結合をどのように調べたらよいか、わからずにおります。 宿主分子にタグを付けて、細胞内に発現させ、細菌を感染させる。 タグでIPした後、細菌の結合を見る、などができたら、いいのですが、 このような方法はあるのでしょうか。 このようなサンプルを使って、質量分析法などもできるのでしょうか。 御教授いただけましたら、幸いです。 よろしくお願い致します。

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