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(無題) 削除/引用 No.2178-6 - 2013/07/10 (水) 12:02:07 - bluehornet ＞fobさん スピンカラムを使ってRNAlater浸漬処理サンプルからDNA抽出を行う場合には、snap frozenの場合よりも念入りにRNase処理をしないとDNAとともにRNAもカラムに吸着してしまい抽出時に混入するということですね。 有益な情報をありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2178-5 - 2013/07/10 (水) 09:10:19 - fob >bluehornetさま 普段はsnap frozenの腫瘍サンプルから主にDNAを抽出しています。抽出にはQIAGENのDNeasyのカラムを使っています。いつもDNAのインテグリティーをみるために250 ngぐらいゲルに乗せて泳動しています。 普段はDNA抽出中にRNase処理をするため、高分子領域にしかバンドが認められないんですが、ある時RNAlaterに使っていたサンプルから同様に抽出したら、くっきりRNA由来と思われる低分子領域のバンドが認められました。その後RNase処理、エタ沈でだいぶバンドが薄まったのでおそらくRNAだと思います。 いつもProKで結構長いこと(48-72h)消化しているんで、ProK存在下でもどうせ分解されているだろうと、RNAの存在なんて気にしてなかったんですが、RNAlaterがあると消化中も安定化されるんですかね？その後何回か、別のRNAlaterに浸漬していた組織から抽出してみましたが、大なり小なり同様に抽出されました。

(無題) 削除/引用 No.2178-4 - 2013/07/09 (火) 11:06:00 - bluehornet ＞fobさん もしよろしければRNAの混入の程度、DNAの抽出方法等をお教え願えないでしょうか？ 僕自身はDNA抽出には塩析法を用いているので、そんなにはRNAの混入はないと考えていました。これまで混入したRNAの量を確認したことが無かったので、今後の参考にさせて頂きたいと思っています。

(無題) 削除/引用 No.2178-3 - 2013/07/08 (月) 10:34:12 - fob RNAのコンタミネーションがその後の実験にクリティカルでない場合は、bluehornetさんがおっしゃるとおりに常温で扱えるRNAlaterがいいのではないでしょうか？ 以前はRNAlaterで保存した組織からDNAを抽出していました。 RNAlaterで保存した組織から抽出したDNAはかなりのRNAを含んでています。 DNAをそのまま電気泳動すると、おびただしい量のRNAが一緒に抽出されているのがわかります。RNAなのでそのうち分解されるのでしょうが...

(無題) 削除/引用 No.2178-2 - 2013/07/08 (月) 10:04:06 - bluehornet RNAlaterがおすすめです。サンプルチューブに小分けした物を実際にサンプリングする場所の片隅にでも置かせてもらえばいいと思います。試薬自体は常温保存ですし、サンプリング後も37度で1日、25度で1週間、4度で1ヶ月はRNAを保存可能となっています。本来の目的は上記の通りRNA用ですが当然DNAも保存可能ですよ。 僕も常用していて、病院病理部でサンプリングした物からルーチンでDNA抽出に用いています。普通に20kbp程度のアンプリコンが検出できます。サンプルの小分け等も楽ですし、あとから「RNAも抽出したい」となった時に困らなくていいですよ。ちょっと高いのが難点ですが、継続して使うなら大瓶を買うといいと思います。Qiagen、Sigma-Aldrich、Ambion等で同名の試薬が出てますが、効用は同じ様なのでSigmaの500mlが安くてよさそうですね。僕の所はAmbionのものですが・・・。

DNA解析のための組織保存法 削除/引用 No.2178-1 - 2013/07/08 (月) 01:29:42 - comcom 組織の保存方法についてアドバイスをいただきたくての投稿です。 後の実験において、凍結保存した組織からDNAを抽出しメチル化解析を行いたいと考えております。無難な保存方法は、組織を裁断し（組織が大きいため）、液体窒素で凍結後、−80℃のディープフリーザーでの保存、といったところでしょうか？ 今後のスタディでは病院からヒト組織を貰い受けることになります。すぐさま液体窒素での凍結するのはなかなか難しく、病院での４℃保存、組織回収後の-２０℃保存（何の処理もなし）が、もっとも手間がかからない方法でDNA保存も大丈夫だろうと、研究室内では言われています。 けれども、後の解析に出る影響をなるべく少なくするためには、上記のような手間をかける必要がやはりあるのでしょうか？

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