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(無題) 削除/引用 No.2164-14 - 2013/07/13 (土) 22:07:03 - 直輝 ホルムアルデヒドは気体。 ホルムアルデヒドの水溶液がホルマリン。 ホルムアルデヒドを重合したものがパラホルムアルデヒド。 パラホルムアルデヒドを加熱または水に溶解させるとホルムアルデヒドに分解する。 なお、試薬のホルマリンは約40%のホルムアルデヒドを含有するので、10%ホルマリンはだいたい4%PFAに相当する。

(無題) 削除/引用 No.2164-13 - 2013/07/13 (土) 13:18:43 - AP ヒント）フォルムアルデヒドは単体のガスではHCHOですが、水溶液中では水と反応して、methanediol (methane hydrate) HO-CH2-OHになります。固定に寄与するのも重合するのもこれです。パラホルムアルデヒドを水に溶かした時生じるのももちろんこれです。

(無題) 削除/引用 No.2164-11 - 2013/07/13 (土) 11:55:52 - なでしこ組 誤解が無いように言っておくと、 PFAの生成、分解に脱水縮合とか加水分解が関わっているって訳じゃないからね。

(無題) 削除/引用 No.2164-10 - 2013/07/10 (水) 17:16:20 - AP >PFAの重合は、HとOHとの間で形成される水素結合によるものという >理解で正しいでしょうか？ 正しくありません。 脱水縮合とか加水分解とか頭のひきだしにありますか？ 有機化学を学んだことがなくても、教科書をひもとかなくても、それこそWikidediaでも見れば概要は理解できると思うんですよね。 >なぜ、ChIPではFA溶液を使うのでしょうか PFAを溶かして要時に作ったPF溶液のほうが、フォルマリンなどPF溶液として供給される試薬よりも、不純物が少なくまたメタノール等の重合防止剤・安定剤を含まないので純度が高いです。またフォルマリンは保存中に酸化などの変性を受け変質します（ギ酸を生じてpHを下げたり、核酸をアタックする）。 したがってフォルマリンのほうが好まれて使われる実験というのは、そういうことの影響が無いか無視できる実験で、利便性（PFAと溶かす手間がない）を優先しているんでしょう。 それに対して、ある種の免疫染色（膜タンパク質を標的にする場合など）やRNAを標的とするISHではPFAと溶解して作ったFA溶液で固定するのが普通です。フォルマリンに含まれるメタノールで染色性が悪くなる抗原がありますし（おそらく膜から流出してしまう）、ギ酸などでRNAがアタックされるのを避けるためです。 ChIPのことはよく知りません。しかし、反応の上でフォルマリンが良くてPFAの溶液が劣るということは考えにくいです。利便性の問題だけだと思います。 もちろん、フォルマリンもPFAもグレードはピンからキリですから、一概には言えないですが。

(無題) 削除/引用 No.2164-9 - 2013/07/10 (水) 15:59:18 - なでしこ組 > PFAの重合は、HとOHとの間で形成される水素結合によるものという > 理解で正しいでしょうか？ いやはや、 劇物の取り扱いは有資格者の指導者の下で扱ってくださいよ。

PFAの脱重合 削除/引用 No.2164-8 - 2013/07/10 (水) 01:12:16 - ちっぷ APさま ありがとうございます。 今まで、PFAの重合について、ちゃんと調べたことがなく、 溶液中でもポリマーだと思っていました。 少し、調べてみたのですが、 PFAの重合は、HとOHとの間で形成される水素結合によるものという 理解で正しいでしょうか？ PFAの溶液を凍結させると析出し、 加熱すると再溶解するのは、 低温では水素結合が多く形成され溶解できないサイズのポリマーに なっていて、加熱すると水素結合が切れて、モノマーもしくは それに近いサイズのポリマーになっていると考えられますね。 勉強になりました。 ただ、そうすると、新たに疑問がわいてきました。 (しつこくて、すみません。） 本質的には、PFA溶液もFA溶液も同じはずなのに、 なぜ、ChIPではFA溶液を使うのでしょうか。 実験上は、もちろん、従来のプロトコールに従って実験するので、 直接、実験計画にかかわるわけではないのですが、 より深く理解しておきたいので、 どなたか理由もしくはご意見をお持ちの方が いらっしゃいましたら、お聞かせください。

(無題) 削除/引用 No.2164-6 - 2013/07/06 (土) 08:28:54 - AP >(クロマチンIPでは、パラホルムアルデヒドのように 　　重合体を使うと、 FAの重合体であるPFA、水に溶かすとFAモノマーになるものだと思っていたが。

(無題) 削除/引用 No.2164-5 - 2013/07/06 (土) 03:58:41 - ちっぷ おお様 なるほど、Nature Protocolsなら確かにカタログ番号も 記載してありますね。ありがとうございます。 Nature ProtocolsのChIPの論文をいくつか見てみました。 メタノールの入ってないホルムアルデヒド溶液を使っている論文の方が、 メタノール入りのものを使っている論文より多いですね。 重合防止剤の入っていないホルムアルデヒドが多くの論文で 使われていることから考えると、 ChIPの実験では、重合防止剤のあり・無しは、それほど 実験結果に影響を与えないということなのでしょうか。 どちらを使うかは、個人の好みといった程度なのでしょうか？ そこらへんについて、色々な方のご意見をお聞きしてみたいです。 み様 書き込み、ありがとうございます。 メタノールの入ってないホルムアルデヒドを使うのが、一般的のようですね。 今回は、メタノールの入っていないホルムアルデヒドを使ってみます。 ＞培地中のアミノ酸は問題にならないのではないでしょうか。 ご回答ありがとうございます。 さらに、もう一歩踏み込んで、質問させてください。 クロマチンIPは、再現性を出すのが難しいという話を 時々、耳にします。 クロマチンIPでは、架橋の程度が弱すぎても、強すぎても うまくいかない実験だという話も、耳にします。 培地に直接、ホルムアルデヒドを加えて架橋をする論文が多いですが、 一部、PBSにホルムアルデヒドを加えて架橋している論文もあります。 この場合、PBS中には、競合するアミノ酸がありませんので、 培地に直接、ホルムアルデヒドを加えた場合よりも、 架橋の程度が強くなり、脱架橋の効率は、培地に加えた場合と比較して 違いがあると考えられると思うのですが、 そのようなご経験、もしくは、どなたかが仰っていたのを 耳にしたことは、ありますか？

(無題) 削除/引用 No.2164-4 - 2013/07/05 (金) 11:26:24 - おお http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/f1635?lang=en&region=US F1635 SIGMA-ALDRICH Formaldehyde solution contains 10-15% methanol as stabilizer, 37 wt. % in H2O これを使っている人をよくみかけますが、、、 蛋白のクロスリンクでPFAから溶解した溶液を作っているのもまあまあみかけます。 Nature protocolsとかいけば、カタログナンバーまで見れるんじゃないかなぁ。 蛋白のクロスリンクでPFAから溶解した溶液を作っているのもまあまあみかけます。

(無題) 削除/引用 No.2164-3 - 2013/07/05 (金) 10:50:47 - み 普通はメタノールなんか入っていないホルムアルデヒドをfinal 1%で使用すると思います。 培地に37%ホルムアルデヒド原液を37倍希釈になるように直接入れて行っても大丈夫なので培地中のアミノ酸は問題にならないのではないでしょうか。 パラフォルムアルデヒドで行ったことないので何か問題が起こるのかは知りません。

(無題) 削除/引用 No.2164-2 - 2013/07/03 (水) 08:45:33 - おお 私の見たプロトコールはみんなフォルマリン溶液でした。PBSなどの中性よりアルカリ傾いているような状態ではモノマーに解離しているといわれているようです。ただもしモノマー以外のものが幾らかでも存在するという話をだれか知っているなら聞きたいなぁと思ってます(昔その点が気になってはいたので)。

クロマチンIPで使うホルムアルデヒド 削除/引用 No.2164-1 - 2013/07/03 (水) 07:21:08 - ちっぷ 現在、クロマチンIPの実験を計画中です。 初歩的な質問で申し分けないのですが、よろしくお願い致します。 質問は、 １）ホルムアルデヒドには、重合防止剤であるメタノールが入っているものと 　　入っていないものがあるのですが、クロマチンIPでは、どちらを 　　使うのが良いのでしょうか？ ２）１と関連すると思うのですが、 　　クロマチンIPでホルムアルデヒドは、重合してないモノマーで 　　ある方が望ましいのでしょうか？ 　　(クロマチンIPでは、パラホルムアルデヒドのように 　　重合体を使うと、DNA−タンパク質の架橋だけでなく、 　　より遠距離のタンパク質ータンパク質が架橋されてしまうので、 　　望ましくないといった考え方で正しいのでしょうか？） ３）クロマチンIPでホルムアルデヒドを使って架橋をする際に 　　多くのプロトコールで、培地に直接、ホルムアルデヒドを加えて、 　　１％程度の濃度にして架橋を行うようなのですが、 　　培地中のアミノ酸は、ホルムアルデヒドの反応を阻害しない 　　のでしょうか？ 以上、よろしくお願い致します。

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