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(無題) 削除/引用 No.2139-3 - 2013/06/27 (木) 16:58:46 - P.atami 〉もといさん 　なるほど！そういうふうに使うんですね。本当にありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.2139-2 - 2013/06/27 (木) 16:39:57 - もとい ＞ML法で系統解析をしたことは分かっているのですが、そこからどのようにして樹形を決定したのかがわかりません。 ML法は、塩基置換が生じる確率をあらかじめユーザーが与えておいてから、最も高い確率で（最も尤もらしい。尤度などとも）表現される系統樹を描きだす方法です。なので、おおよそ次のような手順で系統樹を決定します。 １、塩基サイト（アミノ酸サイト）の祖先の位置をそろえる（ClustalW） ２、塩基置換（アミノ酸置換）の生じやすさについて（塩基置換の確率）、最適なモデルを選択する(PlotTestによって、WAGモデルが最適と判断された)。 ３、ML法によって、尤度検定を行う（PhyML3.0）。 ４、系統樹を描く（MEGA4.0を使って、最も尤もらしいと、３で判断された系統樹を、図示する）。 例えばの話ですが、上みたいな流れじゃないでしょうかね。

系統樹の描き方 削除/引用 No.2139-1 - 2013/06/27 (木) 16:27:00 - P.atami 初心者です。　本当につまらない質問なのですがよろしくお願いいたします。 ML法によるトポロジーの決め方ということで、 ML法で系統解析をしたことは分かっているのですが、そこからどのようにして樹形を決定したのかがわかりません。 その論文に書かれているソフトは他に、 ・ClustalWを使用して、PHYLIP形式とNEXUS形式に変換 ・PlotTestはフィッティングモデルを選択するために使用 ・WAGモデル？ ・MrBayesとPhyML3.0 ・MEGA4で系統樹を表示、編集 などとありました。それぞれがどう関わってくるのかが分からず困っています。 ご返答お願いします。

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