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(無題) 削除/引用 No.2110-5 - 2013/06/30 (日) 07:35:47 - クロ Thermostableβアガラーゼを入手して使ってみました。 ゲルが、固まらなくなるのが、とても面白いです。ただ完全な液体というよりも、ゾルっぽい感じですね。 使っていて、ひとつ質問があります。当方では、DNA濃度測定はナノドロップを使っています。その際のキャリブレーションには何を使えば良いのでしょうか？TAEバッファでは駄目でした。 切り出したゲルの消化物と似た重量の、DNAを含まないゲルを切り出し、同程度の濃度になるようにアガラーゼ処理して得た反応産物を、キャリブレーションに用いれば良いのでしょうか？ あるいは、理屈上のDNA回収率は100％と見なして、泳動したDNA量を、推定液量（ピペットマンのくるくる回しで推定）で除算するだけでも良いのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2110-4 - 2013/06/19 (水) 20:24:06 - A ちなみにこんなのもありますよ。 Gelaseっていうやつです。 http://www.arb-ls.com/products/gelase_agarose_gel_digesting_preparation/

(無題) 削除/引用 No.2110-3 - 2013/06/19 (水) 19:50:20 - クロ さっそくの情報をありがとうございます。 おかげさまで安くワークできそうですので、購入してみることにします。

(無題) 削除/引用 No.2110-2 - 2013/06/18 (火) 10:24:12 - A >>酵素の量を節約したことがありますか？ ゲル200mgあたり0.5U程度で使用しています。反応は余裕を持って 1時間程度。問題なく回収出来ていると思います。 >>何か注意点がありますか？ ゲルをしっかり溶かす事、酵素を減らすのであれば時間に余裕を という点さえ守れば大丈夫かと思います。ただ、O/Nとかは微妙 でした。 >>なお使用目的は２つあります。PCR産物をアガロースゲル泳動して、切り出したゲルから、この酵素でDNAを精製して、そのまま制限酵素処理するのが目的のひとつです。また制限酵素処理したプラスミドや、制限酵素処理したインサートをアガロースゲル泳動して、切り出したゲルから、この酵素でDNAを精製して、そのままライゲーションしてコンピセルに入れるのが目的です。 PCR後、エタ沈などでバッファー交換。H buffer等の時は気にせず精製無しで 制限酵素処理。その後電気泳動を行い、カラムかβ-agaraseで回収してます。 二度ゲル抽する意味はあまりないと思いますが・・・。目的分子量のバンドを 分離するのが目的なので、一度目は収量も減るし不要かと思います。

Thermostableβアガラーゼの使用感は？ 削除/引用 No.2110-1 - 2013/06/17 (月) 20:16:08 - クロ よろしく御願いします。 今日届いた、ニッポンジーンのキャンペーンカタログにのっていた、Thermostableβアガラーゼ（300unitで9000円、品番311-07121）に興味があります。特に、カラムなどに比べると操作時間が短縮されそうな点と、回収率が高そうな点に魅力を感じます。 使用したことのある方の御意見をうかがいたいのです。 なお使用目的は２つあります。PCR産物をアガロースゲル泳動して、切り出したゲルから、この酵素でDNAを精製して、そのまま制限酵素処理するのが目的のひとつです。また制限酵素処理したプラスミドや、制限酵素処理したインサートをアガロースゲル泳動して、切り出したゲルから、この酵素でDNAを精製して、そのままライゲーションしてコンピセルに入れるのが目的です。 （１）酵素の量を節約したことがありますか？どのくらいまで減らせますか？標準的な量では、65℃で５〜１０分の加熱ですが、量を減らした場合、どのくらいの時間、65℃で加熱する必要がありますか？ （２）何か注意点がありますか？

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