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(無題) 削除/引用 No.2109-3 - 2013/06/17 (月) 20:32:53 - ろれつ ＞おお様 早速のご回答ありがとうございます。 状況の説明不足、申し訳ございませんでした。 状況としては、モチーフの位置が異なっている場合は解析から除く方針で現在研究しております。そして、標的モチーフの多様度が比較的高めでインデルが多いことが壁となっておりまして…。 全体アライメントの後、ローカルにモチーフだけをアライメントし直すと異なるアライメントが得られるという状況でして…。 どちらがより正確なのか測りかねております。

(無題) 削除/引用 No.2109-2 - 2013/06/17 (月) 18:15:33 - おお >[Re:1] ろれつさんは書きました : > はじめまして。質問させてください。 いろいろと目的や状況によっていろんな答えが出てきそうですが、、まずは簡単にかけることとして > > １、全体をアライメントしたあと、目的の領域を切り出してそのまま解析に用いる。 > ２、全体をアライメントしたあと、目的の領域を切り出して、再度アライメントした後解析に用いる。 全体をアライメントすると、ドメインの出てくる順が違ったり、タンデムになっていたら同じようなモチーフを持っていても、思ったようにアライメントされない可能性があります

アライメントから候補領域を抜き出した後の扱いについて 削除/引用 No.2109-1 - 2013/06/17 (月) 14:24:19 - ろれつ はじめまして。質問させてください。 ある遺伝子のアライメントから、目的の領域のみを切り出してきて系統樹作成を行う時、次の二つの方法のうち、どちらが適当でしょうか？また、アライメントの良しあしを判断する方法はあるのでしょうか？ １、全体をアライメントしたあと、目的の領域を切り出してそのまま解析に用いる。 ２、全体をアライメントしたあと、目的の領域を切り出して、再度アライメントした後解析に用いる。

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