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>南の島の「み」様 削除/引用 No.2055-17 - 2013/06/18 (火) 16:41:28 - さっちょん >[Re:16] 南の島の「み」さんは書きました : > ローディングダイも共用ですか？ ダイも共通使用です。 私もダイの汚染をはじめ疑ったのですが、 ダイをアプライしていないウェルの下部にも、 サンプルアプライウェルと同様に 高分子のバンドが見えることから、 ダイが汚染されているのではなく、 ゲルそのものの汚染か？？？ と思いいろいろと策を講じている次第です；； (とはいえ、私自身の実験ではなく、 あくまでルーチンで作業されている方からの相談に 対応しているということなんですが)

(無題) 削除/引用 No.2055-16 - 2013/06/16 (日) 00:31:22 - 南の島の「み」 ローディングダイも共用ですか？

＞234様 削除/引用 No.2055-15 - 2013/06/14 (金) 10:08:55 - さっちょん 引き続きありがとうございます。 泳動槽の洗浄も行わせていただきました； ただ。。。 ゲル保存のタッパを洗浄 ゲル保存用TBEも新品に変更 作製したゲルも、１～２週間以内のもの・・・ という条件で、 まだちらほら謎の高分子バンドが見えるようで、 結局コームの洗浄徹底も行うことにしました； 私も長らくDNAの電気泳動をしていますが、 こういう現象は初めてです； 今まではゲルは基本自分で作って自分で消費(自己保管) 泳動バッファー類も、きちんと目視して適時交換 適時洗浄、 その他器具類も、個人が責任をもって洗浄 ということでしたが、、、 現在所属のラボは、そのあたりがルーズなのもいけません； やはり不特定多数が使用する場合は クリーンな実験環境を維持することを 常に意識しておかなくてはいけませんね； 勉強になります；

(無題) 削除/引用 No.2055-14 - 2013/06/13 (木) 01:02:57 - 234 私が泳動してそういうバンドが出た時は泳動バッファーを変えたら消えました。バッファーの継ぎ足しではなく泳動層を一度洗う時だと思っています。

いったん〆させていただきます 削除/引用 No.2055-13 - 2013/06/05 (水) 14:02:36 - さっちょん アドバイス下さった皆様、ありがとうございました。 実験手法そのものにかかわる質問ではないため、 とりあえずトピックを〆させていただきます。 〆後でも、なにかお気づきの点ありましたら 書き込みはチェックさせて頂きますので 宜しくお願い致します。 たすかりました。

>7744様 削除/引用 No.2055-12 - 2013/06/05 (水) 10:16:43 - さっちょん 詳しい情報ありがとうございます。 そうですね、負に帯電する何かなんでしょうね； そのなぞバンドは、ウェルから１センチくらい流れたところで きれいに＜バンド＞として見えているのですが、 まぁそのくらい高分子量なので、 今回の実験目的(サイズの確認)というレベルでは 問題がなかったので結果オーライなんですが・・・ ゲルの保存環境を確認させてもらったら、 いつの？誰の？この％のゲルがこんなに必要なの？ と、疑問ばかりが浮かびました； いや、ゲルを作って保存しなくても、 昔お世話になったラボでやっていたのですが、 ５５℃くらいにセットした乾燥機(乾熱滅菌機)の中に、 調製ズミアガロースの瓶を保存しておいて、 好きな時に、いったん軽く撹拌してから ゲルメーカーに流しいれる・・・ という方法もとれるし、 火災の心配があってスイッチＯＮのままはダメというなら、 必要な％のゲルをメディウム瓶に作って、 都度都度レンジで溶かして作れば・・・・ ＰＣＲ反応の間に、ゲルなんか固まるだろうに・・・ なんて思いが； ラボの体制に愚痴がでてしまいました； なんか、うまいこと考えて こういう変なデータを出さない環境づくりを していきたいと思います；

(無題) 削除/引用 No.2055-9 - 2013/06/04 (火) 21:00:12 - 7744 私の場合はTAEですが、 ゲルをエチブロ入りで作製し、ゲルと同濃度のエチブロ入りのTAEに浸して常温保存しています。 そして、長く保存しているゲルには、ウェルの部分にピンク色の"何か"が溜まっていきます。 色から考えると、エチブロを含む"何か"が溜まっているのだと思います。 そして、そういうゲルはウェルを洗浄しても完全には取りきれず、それが流れてバンドとして出ているという認識ですね。 エチブロのみではDNAとは逆に流れるはずなので、それがバンドとして見えるということは、エチブロのみではなく、何か負に帯電しているものがあるのだと思いますが・・・

>AP様 削除/引用 No.2055-8 - 2013/06/04 (火) 15:32:41 - さっちょん 何度もありがとうございます。 先にエチブロをいれて作成したゲルのようです。 本日さらに確認したところ、 だれがいつ作ったのか不明の常温保存２％ゲルを使用したそうです。 通常その方はご自身の、使用サイクルの早いゲルストック (エチブロ含、TBEに浸して常温保存) を使っているのだそうですが、 その＜なぞバンド＞が出たときは自前のものが足りず、 ルーチン以外の実験者が時々使う程度のストックゲル (保存条件同様) を、使用した結果、なぞバンドのでるゲル、でないゲル、、、 という結果になったとのことでした。 自分はこちらのラボではＤＮＡの電気泳動をめったに やることがないので、保存方法を聞いて少々驚いております； 私が長らくお世話になったラボでは エチブロ入りゲルの長期保存はＮＧで、 保存も４℃だったので・・・； 見当違いの補足情報でしたらすみません。

(無題) 削除/引用 No.2055-7 - 2013/06/04 (火) 12:01:49 - AP >エチブロ染色です。 ちなみに、EtBr含のゲルですか、不含で後染めですか？

情報不足失礼しました 削除/引用 No.2055-6 - 2013/06/04 (火) 08:41:42 - さっちょん 皆様、ありがとうございます。 ＞おお様 ウェルの部分そのものが光っているのではなくて、 何かが(は)泳動されたようになっているのです。 で、高分子量の位置で光っている。 ウェルにゴミが入って？泳動されて高分子量に引っかかったとしても こんなにきれいに見えるのかしらと不思議に思いました。 (経験がないもので・・・；) 文章わかりづらくすみません。 ＞７７４４様 ＞中年様 作り置きゲルだと、そういうこともあるのですね・・・ 保存用TAEないしTBEが古くなってということかもしれないですね； カビ？が生えるなんて話もそういえば聞いたことがあるような・・ ありがとうございます。 保存用bufferの交換と、タッパ？の洗浄をするよう、 指示しておきたいと思います。 ＞AP様 情報不足失礼します。 エチブロ染色です。 目的PCR産物の光り方と比べると、 １／３くらい弱いです。 分子量も加味すると、 量としてはかなり少量の＜何か＞が泳動されて、 エチブロで染まったようです。 とりあえずの対処として、 先に挙げたとおり、作り置きゲル用のTBEの一新と、 併せて作り置きゲルの廃棄、新しく作製をしてはと アドバイスしてみます。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.2055-5 - 2013/06/03 (月) 21:40:31 - 中年 私の場合はTAEでの経験ですが、古いゲルだとウエルに何かが溜まっていて（生えていて？）、EtBrで染色されるバンドが出たことがあります。ウエルを神経質に洗うようになってからは、同じトラブルは無くなりました。

(無題) 削除/引用 No.2055-4 - 2013/06/03 (月) 17:58:19 - AP 何で見てるのですか？ EtBrなど核酸染色？ サザンブロット？

(無題) 削除/引用 No.2055-3 - 2013/06/03 (月) 16:21:34 - 7744 > 高分子量の位置に、すべてのサンプル一様にみられるバンドが > ありました。 原因を考えたことは無かったのですが、経験上、作り置きしていたゲルで泳動するとこういう現象が起きるものだと思っていたのですが。

(無題) 削除/引用 No.2055-2 - 2013/06/03 (月) 15:33:38 - おお ウェルの部分は乱反射とかみたいなので光って見えたりするかもです。

DNA電気泳動でサンプルの有無関係なく出てくるバンド 削除/引用 No.2055-1 - 2013/06/03 (月) 15:29:55 - さっちょん いつもお世話になっています。 私自身の実験ではないことなのですが、 気になったので質問あげさせてください。 当ラボには、 マウスのジェノタイピングをルーチンで作業している方がいます。 本日＜おかしな結果が出た＞と相談され、 泳動結果をみると、 目的産物のほかに、 高分子量の位置に、すべてのサンプル一様にみられるバンドが ありました。 マーカーのレーンにも、 ネガコン(何もでないはず)のレーンにも。 サンプルを泳動していないレーンにもありました。 サンプルを泳動していないというので、 ローディンダイだけを泳動したのかと問いました (ダイのコンタミを疑いました) が、本当に、何もアプライしていないとのこと。 ウェルの形に綺麗にバンドが見えるので、 コームが汚れていて、そのせいでコンタミしたのか？？ とも思いましたが、 これについては、 コームの洗浄をしたのはその方ではないので 洗浄の不具合がどの程度かまでは不明とのこと。 また、ゲルを作製したのもその方ではなく、 作り置き(TBEに浸っている)ゲルを使ったので、 なぞの高分子バンドが見えるものと見えないものとが あることがわかりました。 この時点で、やっぱりコームが怪しいだろうと思うのですが、 私自身このような経験はありません； マーカーの分子量範囲は不明ですが、 もっとも高分子のバンドの、直上に見えるくらいの位置です。 実験についてのディスカッションとは程遠いはなしで恐縮ですが、 経験談でも構いませんので宜しくお願い致します。 ちなみに、実験や洗浄には必ず手袋を装着していますが、 こまめに変えている人もいれば１日中同じものをという 人もいると思います。

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