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制限酵素のDouble digestion を選択しない理由は? トピック削除
No.182-TOPIC - 2012/02/20 (月) 19:30:19 - 脂肪
いつも大変参考にさせて頂いています。

先日あるプラスミドと、末端に制限酵素サイトがついたPCR産物をdouble digestionしようしたらボスに止められました。
理由を尋ねたら、彼はやったことないからという理由でした。
ちなみに使用する酵素はMluIとXhoIで、どちらもH Bufferで切れます。

酵素の推奨バッファーが同じでも、double digestionを回避する科学的根拠ってあるんでしょうか?
例えばダブルで切るとStar activityが増加するとか。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.182-11 - 2012/02/21 (火) 14:25:15 - 脂肪
みなさんありがとうございます。

うさん

全くその通りですね。
かなりどうでもいい質問して申し訳ありませんでした。


アイリスさん

普段はクローニングの手順なんて説明しないんですが、今回はたまたまです。
ボスはそういう意味ではちょっと変わってますが、総じていい人です。
Double partial digestionですか、すごいですね!
今はいいクロネースがあるのでpartial digestionとかは私はやったことないです。

は? 削除/引用
No.182-10 - 2012/02/21 (火) 13:45:08 - あいりす
そんな馬鹿なことがあるのですか? クローニングなんて単なる作業なのですから、早く終わる(早く目的のクローンが完成する)にこしたことないと思うのですが。 そのボスは少し変? と思います。 私ならボスにいちいち細かいクローニング手順等話さずさくさくクローニングして、 さっさと本命の実験をすると思います。

Double digestionどころか、私はdouble partial digestionや3-way ligationなどが得意で、ポスドク時代には「あいりすさん、これどうやって作ったの?」と聞かれるコンストラクトを作ってました(Gateway時代にそぐわない、化石かもしれませんが)。

(無題) 削除/引用
No.182-9 - 2012/02/21 (火) 12:48:00 - う
すでにうまくいっている実験系がある場合、

それより簡単な方法と思われる方法があっても
それがうまくいくかどうかを不安に思いながらやる簡単な方法より
すでにうまくいっているちょっとだけ時間がかかる方法をしたい、

ということだと思います。
理論も大事ですが、経験でそうやっているということの部類かと。

んなこと、人によって経験が違うし、
うまくいくという自信と経験と理論が自分にあれば
どうでもいいことではないかと。
うまくいけばどっちでもいいこと。

ただ、自分なりの方法で失敗したときに
「ほーら、いわんこっちゃない」というののしりを覚悟することです。

私だったら、そんなボスの言うことをここで質問すること無く
自信を持って「は?そんな理屈は無い」と言い切る知識を自分で調べる
もしくは、すでに持っていることの方が大事では?

(無題) 削除/引用
No.182-8 - 2012/02/21 (火) 10:44:37 - 脂肪
みなさんありがとうございます。

Oさん

今のボスは時間の節約に無頓着でして。
ただ別に新しいことに挑戦することを躊躇うような保守的な人じゃないです。
彼に限らず、日本人研究者(特にMDじゃない人)は実験のショートカットを良しとしない人が多い気がします。
関係は良好ですが、それを主張するかどうかは迷いますね(苦笑)

APさん

合理的な理由がないということが分かればそれでいいです。
ありがとうございました。
もちろんグリセロールの量には気をつかっています。

ajiさん

前のラボではダブルが第一選択で、インサート末端もダブルで切れるように設計してたので大丈夫だと思ってました。
もちろん今のとこで大丈夫な保証はないので時間があれば並行してやってみたいと思います。
その結果を伝えるかは迷いますが(苦笑)

(無題) 削除/引用
No.182-7 - 2012/02/21 (火) 10:16:08 - aji
酵素の節約などを強く言われているラボでない場合でしたら、両方やることをお勧めします。
ボスに逆らう必要はありませんし、自分の経験としてやってみた方がいいのは間違いありませんから。

その結果を正直にボスに伝えるかどうかは関係次第でしょうか。

(無題) 削除/引用
No.182-6 - 2012/02/21 (火) 09:50:55 - AP
全く問題ないですね。
少なくとも、それを避ける合理的な理由はないです。

言うまでもないと思いますが、二種類の酵素を同時に投入することでグリセロール濃度が高くなりすぎるならスター活性の原因になりますけれど。

(無題) 削除/引用
No.182-5 - 2012/02/21 (火) 09:47:11 - O
やったことがないからやらないとは…。
それでは新しい発見など見つけられませんよ。
自分でやってみて初めて技術は身につきます。
実験を始めたばかりの方なら、まずは従う事も大切ですがある程度の経験者で、
自分の判断に自身があるならば根拠も添えて言ってみては?

(無題) 削除/引用
No.182-4 - 2012/02/21 (火) 09:10:24 - 脂肪
みなさんありがとうございます。

Harmoniaさん

ま、そうですね。
そこに科学的にまずい理由があれば納得なんですが。


cuさん

例えばApaIとNotIで切るならdouble digestionは避けた方がよさそうなんですが、今回私が使うMluIとXhoIは両方ともBuffer 3(H Buffer)で活性は100%です。
このような場合でもdouble digestionを避ける理由が知りたいのです。

(無題) 削除/引用
No.182-3 - 2012/02/20 (月) 20:03:34 - cu
とりあえずNEBのdouble digest finderでは、この両者を一緒に使うときの条件が出ていますね。
http://www.neb.com/nebecomm/DoubleDigestCalculator.asp?#.T0IoIfFmKn8

(無題) 削除/引用
No.182-2 - 2012/02/20 (月) 19:43:45 - Harmonia
ボスが理由まで明らかにして止めているのだから、やらないほうがいいかと。

制限酵素のDouble digestion を選択しない理由は? 削除/引用
No.182-1 - 2012/02/20 (月) 19:30:19 - 脂肪
いつも大変参考にさせて頂いています。

先日あるプラスミドと、末端に制限酵素サイトがついたPCR産物をdouble digestionしようしたらボスに止められました。
理由を尋ねたら、彼はやったことないからという理由でした。
ちなみに使用する酵素はMluIとXhoIで、どちらもH Bufferで切れます。

酵素の推奨バッファーが同じでも、double digestionを回避する科学的根拠ってあるんでしょうか?
例えばダブルで切るとStar activityが増加するとか。

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