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(無題) 削除/引用 No.1673-6 - 2013/04/24 (水) 22:16:51 - qq 酵母からヒトが進化した訳では無いので、ヒト遺伝子のオルソログを酵母から直撃して見つけようとする試みはそれなりに、チャレンジングだと思います。 酵母とヒトの共通の祖先（の直系）は、どんな生物だと思いますか？ 酵母から辿っていって脊椎動物に至る周辺のオルソログを見つけていくのが良いのではないかしら？ 麹カビ、キノコ、原生動物、マラリア原虫、ハエ、ナメクジウオ、ゼブラフィッシュなどです。 ここまで辿れたら、哺乳類にもあるかも。

(無題) 削除/引用 No.1673-5 - 2013/04/24 (水) 18:06:04 - ホモ子 コメントありがとうございます。 なるほど。酵母の特定の遺伝子のほ乳類オルソログを探しているが、パラログがたくさんある遺伝子なのでわからないと言えば、適切なのですね。 確かに系統樹を書けば、一番近い遺伝子が見えてきそうですね。やってみます。

(無題) 削除/引用 No.1673-4 - 2013/04/24 (水) 12:23:04 - 中年 同一の祖先遺伝子にさかのぼれる遺伝子群は全てホモログと呼ばれる資格があるので、酵母にある３０個の遺伝子もお互いにホモログです。このような関係にあるホモログはパラログとも呼ばれます。 お尋ねのケースはオルソログと呼ばれるものを探したいということですよね。沢山のパラログがあるようなので、バッチリ似ているものがあるのでなければ、どれがオルソログかはデリケートな問題になる気がします。~さんが仰るように、酵母の３０のパラログとヒトの５０のパラログを全て含めた分子系統樹を描いてみることから始めるのが良いのでは？

(無題) 削除/引用 No.1673-3 - 2013/04/24 (水) 11:50:45 - ~ ここでいうホモログは同祖遺伝子のことですよね。 中間の種の配列も含めて、系統樹解析プログラムを使った解析が可能ではないでしょうか。 私はやり方がさっぱり分かりませんが、複数のグループがそれぞれのアルゴリズムでプログラムを発表していますよね。

(無題) 削除/引用 No.1673-2 - 2013/04/24 (水) 00:34:58 - おお >[Re:1] ホモ子さんは書きました : > 何を調べて、ネガティブだったらホモログはないだろう（少なくともこれまでのデータ的に）と言えますでしょうか？blast以外にホモログがあるかないかをくっきり調べられる検索はありますでしょうか？ > よろしくお願いします。 ホモログをどういうものと捕らえるかにもよるかもしれませんが、まず検索(おそらくホモロジーサーチなどバイオインフォーマティクスをいっているんだろうともいますが)だけでは無理じゃないかなぁ。バイオインフォーマティクスで局在の予測(あるいは決定されているかどうか)などいろいろ調べて見る手はあるとおもいますが、、、 じっけんとかだとたとえば酵母のその遺伝子をつぶしたフェノタイプがまんまるの遺伝子をいれて正常に復帰(する傾向)があるかをみる場合があります。でも復帰しないばあい、その遺伝子が酵母の環境では発揮できないだけかもしれませんので、機能的なホモログではないと否定できるわけではないです。

ホモログ遺伝子の探し方 削除/引用 No.1673-1 - 2013/04/23 (火) 22:57:27 - ホモ子 酵母のある遺伝子がほ乳類でも保存されているのか、もしいないのであれば、何を元にないと言えばよいでしょうか？ このタンパク質は酵母では３０個ぐらいのファミリータンパク質（ヒトでは５０個ぐらい）があり、特徴的なドメインをひとつ持っております。 酵母の配列を元にほ乳類配列をBlastサーチすると、そのドメインに相同性のあるものがたくさん取れるのですが、全長が似ているものはヒットしません。少なくともこの結果からはホモログと呼べるものがでてきません。 pubmedのhomologeneで調べても、酵母以上には保存が見られません。少なくとも同じ名前の遺伝子はほ乳類にはありません。文献を調べているのですが、今のところ、この酵母の遺伝子のホモログと呼ばれるものが書かれている論文がありません（この遺伝子自体はあまりまだ研究されていない）。しかしほ乳類に保存されていないと言っている文献はまだ見つかっていません。 何を調べて、ネガティブだったらホモログはないだろう（少なくともこれまでのデータ的に）と言えますでしょうか？blast以外にホモログがあるかないかをくっきり調べられる検索はありますでしょうか？ よろしくお願いします。

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