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細胞種類の違いによるRNAiの効き トピック削除
No.1671-TOPIC - 2013/04/23 (火) 13:43:59 - GE
ご存知の方がいればお教えいただけないのですが、293細胞で効いたRNAiの配列があった場合、その配列は、他のヒト細胞やマウス・ラット・ハムスター・ニワトリ等高等生物でも効くものでしょうか?
つまり、生物種や、あるいは同じ生物でも細胞の種類によってRNAiの効きに違いがあったことがありますでしょうか?
 
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No.1671-6 - 2013/04/25 (木) 08:38:44 - GE
ご返答ありがとうございます。
これも経験ですので、実際にいろいろな細胞で試してみたいと思います。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1671-5 - 2013/04/24 (水) 00:42:02 - おお
>[Re:4] GEさんは書きました :
> ご返答ありがとうございます。
> 配列が同じであっても細胞種によっては効きが異なるのですね。
>
> ある蛋白質の発現をノックダウンしているのですが、RNAiのターゲット配列はヒト、マウス、ラットで保存されており、293細胞では効きが良かったので、マウス、ラット細胞でも同様に効くのか思案しておりました。


これはやってみればいいかとおもいます。わたしは両方で効いたケースをしっています。


>
> また、ハムスターとニワトリでもホモログがあり、ノックダウンをしようと思っているのですが、こちらの方は配列の保存性がありません。.... 293内でハムスターあるいはニワトリ由来のcDNAを過剰発現させるとともにsiRNAを導入し、.... RNAiの評価系は細胞が293なので、ハムスターとニワトリ細胞でも同じノックダウン効果が得られるのか思案しておりました。


さすがにこれはどうだろうと、、、感覚的に思います。にわとりならDT40ハムスターCHOなどセルラインがあると思いますので、そちらのほうがいいかと、、、

(無題) 削除/引用
No.1671-4 - 2013/04/23 (火) 20:48:06 - GE
ご返答ありがとうございます。
配列が同じであっても細胞種によっては効きが異なるのですね。

ある蛋白質の発現をノックダウンしているのですが、RNAiのターゲット配列はヒト、マウス、ラットで保存されており、293細胞では効きが良かったので、マウス、ラット細胞でも同様に効くのか思案しておりました。

また、ハムスターとニワトリでもホモログがあり、ノックダウンをしようと思っているのですが、こちらの方は配列の保存性がありません。そこで、まず、RNAiのターゲット配列決定のために、293内でハムスターあるいはニワトリ由来のcDNAを過剰発現させるとともにsiRNAを導入し、効く配列を決定し、次に、ハムスターとニワトリ細胞でRNAiを行おうと考えております。この際も、RNAiの評価系は細胞が293なので、ハムスターとニワトリ細胞でも同じノックダウン効果が得られるのか思案しておりました。

(無題) 削除/引用
No.1671-3 - 2013/04/23 (火) 14:48:23 - おお
RNAiの効果は配列依存的ということを思い出してください。逆にいうと同じ配列が違う種のターゲット遺伝子で見つかるならその配列を使えば、それらの種どれにでも効く可能性があります。当然離れた種ではそう言った配列が見つけにくくなりますよね。あとはいろんなファクターがあると思いますが、一言で言うと運でしょう。

(無題) 削除/引用
No.1671-2 - 2013/04/23 (火) 14:40:41 - 774
基本的に違う生物では効きません。同じ生物でも細胞種によって効果は全く違います。

細胞種類の違いによるRNAiの効き 削除/引用
No.1671-1 - 2013/04/23 (火) 13:43:59 - GE
ご存知の方がいればお教えいただけないのですが、293細胞で効いたRNAiの配列があった場合、その配列は、他のヒト細胞やマウス・ラット・ハムスター・ニワトリ等高等生物でも効くものでしょうか?
つまり、生物種や、あるいは同じ生物でも細胞の種類によってRNAiの効きに違いがあったことがありますでしょうか?

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