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アミノ酸ホモロジー解析の表示法 トピック削除
No.1668-TOPIC - 2013/04/22 (月) 21:42:28 - m
BLASTで、ヒトタンパク質のアミノ酸配列を入力し、
他の種とのホモロジーを調べるという、よくある操作をしているのですが、
表示法について質問させてください。

ヒトアミノ酸配列とマウスの配列、
ヒトアミノ酸配列とラットの配列・・・のように個々で比べることは
できるのですが、
ヒト、マウス、ラット・・・と並べて表示することは可能でしょうか?
どのアミノ酸が、どの種で、どの程度保存されているのか、ということを
いちいち比較せず一発でわかるようにしたいのですが、
BLAST以外でも、何か方法はあるでしょうか?

既出の質問でしたら申し訳ありません。
よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.1668-4 - 2013/04/23 (火) 17:50:53 - m
解決致しました。
基本的な質問だったようで、申し訳ありません。
お二人とも、的確な回答をありがとうございました。
助かりました。

(無題) 削除/引用
No.1668-3 - 2013/04/22 (月) 22:27:16 - おお
ttp://commons.wikimedia.org/wiki/File:Clustalw_seaview.png
こんなやつ?

ttp://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
ttp://www.genome.jp/tools/clustalw/

こちらに配列を入れるとできますが。

配列がどれくらいにているかをしめすんだったらphylogenetic treeをかいてもいいかと(上記のURLでもたしかできたと)。あとは数字にするとか(相同性なん%とか)。

ttp://en.wikipedia.org/wiki/Clustal

(無題) 削除/引用
No.1668-2 - 2013/04/22 (月) 22:08:05 - qq
統合TVは、「 Jalviewを使い倒す〜配列解析・系統樹編〜」といってます。

アミノ酸ホモロジー解析の表示法 削除/引用
No.1668-1 - 2013/04/22 (月) 21:42:28 - m
BLASTで、ヒトタンパク質のアミノ酸配列を入力し、
他の種とのホモロジーを調べるという、よくある操作をしているのですが、
表示法について質問させてください。

ヒトアミノ酸配列とマウスの配列、
ヒトアミノ酸配列とラットの配列・・・のように個々で比べることは
できるのですが、
ヒト、マウス、ラット・・・と並べて表示することは可能でしょうか?
どのアミノ酸が、どの種で、どの程度保存されているのか、ということを
いちいち比較せず一発でわかるようにしたいのですが、
BLAST以外でも、何か方法はあるでしょうか?

既出の質問でしたら申し訳ありません。
よろしくお願い致します。

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