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RNA抽出用の組織の保存 トピック削除
No.1652-TOPIC - 2013/04/17 (水) 21:58:38 - さまよえる羊
こんばんは。

いつもいろいろ参考にさせていただいております。

RNA抽出用の組織の保存方法について、質問させてください。

RNA抽出用の組織は液体窒素で凍らせてから-80℃で保存ということは
承知していたのですが、とっさに思いついて保存することにしたため
液体窒素が手元になく、組織をそのまま1.5mLのtubeに入れて
そのtubeをそのまま-80℃の冷凍庫に入れて凍らせました。。。

この場合のRNAの保存状態は、もう抽出しても無駄なくらい
悪いのでしょうか？
RNAは抽出できますでしょうか？
そのRNAでリアルタイムPCRできますでしょうか？

ご経験のある方がいらっしゃいましたら
教えていただきたく、どうぞよろしくお願いいたしますm(_ _)m
　
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(無題) 削除/引用
No.1652-6 - 2013/04/19 (金) 07:06:08 - qwerty
>RIN valueは>9を超えていました、とのことですが
>RIN valueという言葉を初めて聞きました。
>どのように調べるのでしょうか？？

pumpkinさんが既に書かれているようにbioanalyzerで測定します。RINはRNA integrity numberの略でRNAのqualityを10点満点で評価します。RNAをNGSやarrayなどにかける前に測定するのが一般的な用途でしょうか。

>あと、同じリアルタイムPCRで使用する大動脈を
>保存する際は、やはり同様の方法で保存し
>保存方法も統一すべきでしょうか？？

保存方法は統一した方がもちろんいいと思いますが、あえてイマイチなやり方で統一しなくてもいいのでは、と思います。自分だったら、基本的には液体窒素を使って、異なる方法で保存したサンプルはquality checkするか、発現パターンが他のサンプルに比べて大きく変わらないことに気をつけるぐらいでしょうか。最近は自分で処理したサンプルは、RNAlaterにそのまま入れてしまってあまり気を使いませんが。。。

(無題) 削除/引用
No.1652-5 - 2013/04/18 (木) 15:05:00 - まっくろん
　RNA抽出のみに使うのであれば，Trizol+ホモジナイズしてから，-80˚C凍結とかどうでしょう。実験の都合上，時間がない場合は難しいですが。あとはキアゲンが「Allprotect Tissue Reagent」というのを出してます。触れ込みとしては，DNA, RNA, タンパク質を安定保存できるとか（使ったことがないので，他の保存法との比較はわかりませんが）。今後も同様な事態が予想されるようであれば，コストはかかりますが万が一に備えて，1本ストックしておいてもいいかもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.1652-4 - 2013/04/18 (木) 08:40:04 - Pumpkin
bioanalyaer (agilent)

ありがとうございます！！ 削除/引用
No.1652-3 - 2013/04/18 (木) 06:14:29 - さまよえる羊
qwerty様、ご回答ありがとうございます！

組織はマウスの大動脈です。ほとんど問題なく
RNA抽出できるようで、安心しました。

RIN valueは>9を超えていました、とのことですが
RIN valueという言葉を初めて聞きました。
どのように調べるのでしょうか？？

あと、同じリアルタイムPCRで使用する大動脈を
保存する際は、やはり同様の方法で保存し
保存方法も統一すべきでしょうか？？

何度も質問して恐縮ですが
教えていただきたく、よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.1652-2 - 2013/04/18 (木) 02:35:00 - qwerty
同様の経験が何回かありますが、1.5mLのチューブに入るぐらいの大きさの組織だったら、そのまま-80度に放り込んでも、RIN valueは>9を超えていました。

組織の大きさや種類などの差を考慮しても、リアルタイムが出来なくなるほどデグレードはしないと思います。抽出後にBioanalyzerかゲル泳動をされてクオリティーを確認してみたらいかがでしょうか？

RNA抽出用の組織の保存 削除/引用
No.1652-1 - 2013/04/17 (水) 21:58:38 - さまよえる羊
こんばんは。

いつもいろいろ参考にさせていただいております。

RNA抽出用の組織の保存方法について、質問させてください。

RNA抽出用の組織は液体窒素で凍らせてから-80℃で保存ということは
承知していたのですが、とっさに思いついて保存することにしたため
液体窒素が手元になく、組織をそのまま1.5mLのtubeに入れて
そのtubeをそのまま-80℃の冷凍庫に入れて凍らせました。。。

この場合のRNAの保存状態は、もう抽出しても無駄なくらい
悪いのでしょうか？
RNAは抽出できますでしょうか？
そのRNAでリアルタイムPCRできますでしょうか？

ご経験のある方がいらっしゃいましたら
教えていただきたく、どうぞよろしくお願いいたしますm(_ _)m
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