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どうにかなりました。 削除/引用 No.1640-10 - 2013/04/22 (月) 18:08:08 - Wilkins 返信が遅れ申し訳ありません。 どうにか妥当な値が出たのでこれでひとまず補正に関しての問題は解決しました。 ありがとうございました。 併し、検量線の底がEで描かれているため、更に補正をしておりそれではデータとしての信頼性が得られないと言われました。 Excelで分散図での底の変更法はご存知でしょうか？もしご存知でしたら教えていただけるとありがたく思います。 現在使用中のExcelのバージョンは2010です。 他のソフトウェアが必要な場合はその辺りも教えて下さい。

(無題) 削除/引用 No.1640-9 - 2013/04/18 (木) 11:11:59 - おお >[Re:7] Wilkinsさんは書きました : > Eの値ってどれくらいまでなら許容されるのでしょうか。 ちょっとケチがつくようなコメントかもしれませんけど、検量線がひけるならその範囲内では量が図れてますよね。

(無題) 削除/引用 No.1640-8 - 2013/04/18 (木) 10:03:23 - R >E+1が2程度に成るのが理想だとは思うので1前後かと思いますが、 その通りだと思います。 実測がどうこうの記述がありましたが、 検量線用のサンプルでは、何倍の濃度差で何サイクルの違いになっているのですか？ 検量線のdataとそこから得られたslopeをお示しできますでしょうか。

実際のところ 削除/引用 No.1640-7 - 2013/04/18 (木) 08:48:57 - Wilkins Eの値ってどれくらいまでなら許容されるのでしょうか。 E+1が2程度に成るのが理想だとは思うので1前後かと思いますが、これは間違っているのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1640-6 - 2013/04/17 (水) 04:44:19 - おお 得られた値がどの程度異常か分かりませんけど、検量線をかいて、trend lineをひいて(あるいは forecastをつかって)、それで得られる式にサイクル数を入れて量をだせばできると思えるのですが、、、 Eが7っていうのは傾きが緩いということですよね。。。ノンスペが出ないならアニーリング温度下げるといいかもしれませんけど。

何ともうまくいかず・・・ 削除/引用 No.1640-5 - 2013/04/16 (火) 17:39:45 - Wilkins 参照した文献の方法ではEが7など大きすぎる値になるため、不適でした。 そのため、参考文献などから別の論文を引いてきてLinRegPCR法を試してみましたが、Eの値が実測の形状に近いものの、負の数で表されるなどの問題があります。 また、R0（初期量）は多大な量が出るのでどうすればいいかわかりません。 参照した文献はBMC Molecular Biology 2007, 8:113です。 またデータですが、エクセルで検量線を作成している為おかしいのかもしれません。そういうことが原因なのであればどうするべきか教えていただけるとありがたく思います。

(無題) 削除/引用 No.1640-3 - 2013/04/15 (月) 18:22:44 - Wilkins >[Re:2] Rさんは書きました : > Pfaffl, M.W. (Nucleic Acids Res 29;2002-2007, 2001) > > 傾きを出しているのなら、増幅効率も求められます。 > 遺伝子毎にrelative quantificationして補正ではダメ？ > Excelで計算できます。 > > 上記論文内の式をご参照ください。 > > それとも統計解析の話でしょうか？ ありがとうございます。 参考にして一度やってみようと思います。 統計解析に関してはStudent's t-Testで行う予定ですので、補正に用いる手法に何らかの統計処理が必要であればと思い統計処理ソフトについては記述しました。 Excelでできるようなので安心しました。 また実施の結果が出次第OKかどうかお知らせいたします。

(無題) 削除/引用 No.1640-2 - 2013/04/15 (月) 18:15:58 - R Pfaffl, M.W. (Nucleic Acids Res 29;2002-2007, 2001) 傾きを出しているのなら、増幅効率も求められます。 遺伝子毎にrelative quantificationして補正ではダメ？ Excelで計算できます。 上記論文内の式をご参照ください。 それとも統計解析の話でしょうか？

real-time PCRの結果の補正法について 削除/引用 No.1640-1 - 2013/04/15 (月) 17:59:37 - Wilkins はじめまして。マウス脳からのハウスキーピング遺伝子及び標的遺伝子の検量線を作成し、標的遺伝子の増減を調査しています。 検量線は標準物質(DNA or RNA)ではなくテンプレート希釈を用いて作成しています。そのため、ハウスキーピング遺伝子1に対する標的遺伝子量の補正を行う必要がありますが、差は大きくないものの検量線の傾きに差がありrelative quantitive PCRを用いているためΔΔCt法のようにreal-time PCR付属ソフトウェアでは分析ができない状況です。 この問題を解決する方法を探しているのですが、上手くいきません。 どなたか過去に同じ問題に直面したり若しくは解決法を知っていたりするのでしたら是非ともアドバイスを頂ければと思います。 統計ソフトとしてはPSPP(SPSSの類似フリーソフト)を用いています。 是非とも宜しくお願い致します。

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