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ウエスタンブロットのバンドについて
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No.1631-TOPIC - 2013/04/11 (木) 22:43:11 -
kiki
ウエスタンブロットでタンパク発現の抑制を見ています。
3回ほど行い、全てにおいて、同じ8つのサンプルをアプライしたのですが、各回を比べると、それぞれのサンプルのコントラストが異なってしまいました。
何が原因なのか検討がつかないでいますが、一つ気になっていることは、自作しているゲルが固まるまでの時間がまちまちなことです。
ゲルの硬化時間がサンプルのバンドのコントラストに影響することはありますか?
その他、泳動バッファーの影響など、経験上考えられることがありましたら、教えていただきたいです。
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No.1631-6 - 2013/04/12 (金) 10:54:29 - kiki
アドバイスありがとうございます。
いろいろな点に注意しながら、何度かやってみたいと思います。
(無題)
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No.1631-5 - 2013/04/12 (金) 10:36:18 - おお
ゲルのでき具合によっては局所的に乱れたりすることもありますね。ただし原因を特定できるかというと、、、トランスファーも局所的に変なこともあり得ますし、少なくともトランスファー後にメンブレンをアミドブラックとかポンゾーなどで染めてみると、局所的な乱れがあってもきがつくとおもいますが。
無駄かもしれませんが、もう一度その濃淡ができたやつを同じ抗体でそめてみる。そのあとそのサイズになるだけ近い違う抗体で染めてみるとかすれば、考えられる可能性がある程度検証できるかもしれません。
(無題)
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No.1631-4 - 2013/04/12 (金) 09:38:12 - ~
一枚目:バンドA 濃、バンドB 濃
二枚目:バンドA 濃、バンドB "薄"
という状況なのですよね。
一枚のゲルで、一つのウェルだけ泳動に影響が生じるということはあまりないと思います。
そのため、ゲルではなくサンプル側に原因があるのではないでしょうか。
保存状態、均一性、ウェルにアプライするサンプルvol.のブレ、あたりを気にしてはいかがでしょうか。
(無題)
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No.1631-3 - 2013/04/12 (金) 01:04:08 -
kiki
わかりにくくてすみません。
最初のメンブレンでは濃く、あとの方は薄いというのはメンブレン全体のことを言っていると思うのですが、そうではなく、1回目のウエスタンブロットを行った時にあったバンドが2回目にやった時には非常に薄くなってしまったにもかかわらず、その他のバンドは1回目と2回目のバンドの濃さが変わらなかったのです。サンプルは1回目も2回目も同じものを使用していますし、手順は同じようにやっています(つもりになっているのかもしれませんが)。
(無題)
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No.1631-2 - 2013/04/12 (金) 00:40:13 - おお
コントラストってなにをいっているのかよくわかりませんが、最初のメンブレンでは全体的に濃く出て、後のほうは薄かったということでしょうか。検出感度にばらつきが出るのはWBではまあまああるような気がしますけど。各メンブレンにスタンダードになるもの(全く同一のさんぷる)をおいておけば、よいのでは。
ウエスタンブロットのバンドについて
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No.1631-1 - 2013/04/11 (木) 22:43:11 -
kiki
ウエスタンブロットでタンパク発現の抑制を見ています。
3回ほど行い、全てにおいて、同じ8つのサンプルをアプライしたのですが、各回を比べると、それぞれのサンプルのコントラストが異なってしまいました。
何が原因なのか検討がつかないでいますが、一つ気になっていることは、自作しているゲルが固まるまでの時間がまちまちなことです。
ゲルの硬化時間がサンプルのバンドのコントラストに影響することはありますか?
その他、泳動バッファーの影響など、経験上考えられることがありましたら、教えていただきたいです。
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