予定されている実験において、exponential growth phaseにある未分化ES細胞がどの程度の純度で必要とお考えかによって、答えが変わってきますよね。起こした細胞が増えてきた時に、予測される理想的な速度で増殖していて、死細胞や分化した細胞が見られないならば、それでも良いように思いますが、あくまでその実験で必要とされる条件によります。
継代時に混ざるfeederのviabilityがある程度あれば、 feederのdensityは上がり続けることになります。お使いになっているES細胞の振る舞いがfeederのdensityによる影響を受けるのであれば、調整すべきかもしれません。マウスESの場合はあまり気にしなくても良いように思いますが（あくまで個人的な意見です。high-density feederでトラブルになった経験がないので）、ヒトESの場合は注意が必要かもしれません（ 継代の方法にもよります）。
以前、とある遺伝子のノックアウトES細胞を、その遺伝子を発現しているfeeder上で培養後、ES初心者さんと同様の接着培養でfeederを除去し、ウエスタンで純度を見た事がありますが、feeder由来のタンパク質のコンタミはウエスタンでの検出限度以下でした。その他、density gradientを用いたマウスESとfeederの分離法も報告されています。 ただし、feeder-free培養でない限り、純度を100%にする事は不可能（Sortingでも同様）です。この場合も、予定されている実験において、どの程度の純度が必要とされるのかによって、どのような方法を取るべきかが変わってくると思います。 |
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