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(無題) 削除/引用 No.1587-14 - 2013/03/27 (水) 18:24:39 - メチル化解析初心者 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1587-13 - 2013/03/27 (水) 18:17:20 - R bisulfite処理後の配列に対応したprimerのみでよいと思います。 実験の原理を理解した方が悩まなくていいかと思います。

Rさんへ 削除/引用 No.1587-12 - 2013/03/27 (水) 17:47:59 - メチル化解析初心者 バイサルファイトシーケンス法で行う場合、プライマーはCpGを外して設計して、かつ、バイサルファイト有り無しでプライマーを2種類作成するのがよいのでしょうか？ 増幅産物は500bp前後の遺伝子もあるので、短めにしてみたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.1587-11 - 2013/03/27 (水) 17:33:49 - R >プライマーは、配列はメチル化を考慮して作成するのでしょうか？ バイサルファイトシーケンスなら、プライマーはCpGを外して設計します。 (メチル化の有無に関わらず、PCRがかかるように) >バイサルファイド未処理のコントロールでは、PCRかかっています。 バイサルファイトシーケンス用のプライマーでですか？ バイサルファイト有り無しでPCRを、との意見がありますが、 バイサルファイト有り無しではPCRのかかるプライマーが異なる思いますが、、、 バイサルファイト処理後は、DNAの質が悪くなっているので、 増幅産物は短めにした方がPCRがかかりやすいです。 No.1587-9からも、仰るようにプライマーの設計があやしいです。 (polymeraseを変更して改善することもあります) ちなみに私はMethyl Primer Express (ABIから落としてきたフリーソフト)を用いています。

(無題) 削除/引用 No.1587-10 - 2013/03/27 (水) 15:52:49 - 初心者 リンクを貼って頂き、ありがとうございます。 サイトを使ってみます。 ちなみに、メチル化解析を行っておられる方ですか？

APさんへ 削除/引用 No.1587-9 - 2013/03/27 (水) 15:12:55 - メチル化解析初心者 バイサルファイド未処理のコントロールでは、PCRかかっています。 もうひとつは、キットにコントロールのDNAサンプルとプライマーがついていて、それらを用いて、バイサルファイト処理を行い、PCRで増幅すると、バンドが検出されましたので、プライマーに問題があるのではないかと考えていました。 プライマーの配列の作り直し以外の改良法は、どのような方法なのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1587-8 - 2013/03/27 (水) 15:08:01 - おお あ、だぶった。。。

(無題) 削除/引用 No.1587-7 - 2013/03/27 (水) 15:06:28 - おお http://www.takara-bio.co.jp/goods/bioview/pdfs/58_02-08.pdf

(無題) 削除/引用 No.1587-6 - 2013/03/27 (水) 14:50:36 - AP >２、DNAを用いてバイサルファイト処理を行い、そのサンプルを用いて行うPCRでは、プライマーは、配列はメチル化を考慮して作成するのでしょうか？ それ用の設計ソフトがあるようです。タカラのキットではこれを使えと ttp://www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi

(無題) 削除/引用 No.1587-5 - 2013/03/27 (水) 14:49:34 - ~ >プライマーの配列を作り直した方がよいということでしょうか？ プライマーの配列の作り直し以外の改良法もあります。 バイサルファイト処理±を調べたりして、プライマーに問題があると言えるようなコントロールのデータをとっているのでしょうか。 http://catalog.takara-bio.co.jp/PDFFiles/58_02-08.pdf の6ページ目のような話もありますが、キットであれば問題はないと思います。

(無題) 削除/引用 No.1587-4 - 2013/03/27 (水) 14:40:55 - AP パラレルな操作をおこなったバイサルファイド未処理のコントロールはありますか。それでは、PCRは掛かっているのでしょうか。

おおさんへ 削除/引用 No.1587-3 - 2013/03/27 (水) 14:28:32 - メチル化解析初心者 やはりそうなのですか、 DNAメチル化解析キットを用いてバイサルファイト処理を行い、その後にPCRで増幅したところ、バンドが検出されず、うまくいっていないのです。これは、プライマーの配列を作り直した方がよいということでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1587-2 - 2013/03/27 (水) 12:13:42 - おお PCRしてしまったらメチル化されているかわからなくなってしまうっぺ。

メチル化解析 削除/引用 No.1587-1 - 2013/03/27 (水) 11:42:29 - 初心者 マウスの組織を用いてメチル化解析を初めて実施しております。 市販のメチル化解析キットを用いて、バイサルファイトシーケンス法で行っています。 初心者の質問で申し訳ないのですが、 １、バイサルファイト処理を行う時に、あらかじめPCRで調べたい特定の遺伝子のプロモーター領域を増幅しておいて、それをバイサルファイト処理に用いてもよいのでしょうか？ ２、DNAを用いてバイサルファイト処理を行い、そのサンプルを用いて行うPCRでは、プライマーは、配列はメチル化を考慮して作成するのでしょうか？ また、技術的なアドバイス等がございましたら、教えて頂けたら嬉しいです。よろしくお願いします。

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