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(無題) 削除/引用 No.1538-4 - 2013/03/13 (水) 10:25:55 - TS あなたがびっくりしたことにびっくりしました（笑 他の方と同様の意見ですが、 そのマウスで何が起きているのか、あたなが何を主張したいのか、にとって 有用な解析ではないでしょうか。 もちろん１つのマクロファージに同量のCD68が発現しているわけではないと思いますが、もう一歩進んだ論議ができると思いますよ。 目的遺伝子/b-アクチン、目的遺伝子/CD68、CD68/b-アクチンの結果を眺めてみるだけでも、おもしろそうですが。

(無題) 削除/引用 No.1538-3 - 2013/03/13 (水) 09:29:16 - ごんた 私は、決して指摘した方の考えは間違ってはいないと思います。 つまり、、、、 マクロファージの「質の違い」までを論じたいのか それとも 絶対的な「炎症シグナルの量」を論じれば良いのか ということでしょう。 そのinternal controlとしてもあるマクロファージの機能に関する 遺伝子をinternal controlにおくのは、たとえそのinternal controlが 動くとしても「場合によっては」意味を為すということです。例えば リン酸化タンパクとtotalタンパクの関係が同じようなことだと思います。 前の方がおっしゃっていることに通じますが、難しいかどうかではなく、 あなたが何をいいたいかによると思います。

(無題) 削除/引用 No.1538-2 - 2013/03/13 (水) 03:13:50 - おお >[Re:1] リアルタイムさんは書きました : 何をどの様に解析しようと自由で目的しだいではないでしょうか。 > その後、組織からRNAを抽出してリアルタイムPCRを行い、 > 炎症関連の遺伝子の相対的な発現量の違いを見ました。 > βアクチンで補正しました。 こちらは組織全体で(おそらくマクロファージが発現する)遺伝子の発現を見ているのに対して > 「マクロファージの量が違うのだから、マクロファージのmarker（CD68 > など）もリアルタイムしてその値で補正してみたら、どうですか？」 こちらは組織中のマクロファージの炎症関連遺伝子の発現能力を見ようとしている 貴方の実験でどちらが必要、あるいは重要なんでしょうか? 後者である場合マーカーの発現がインターナルコントロールとして耐えうるくらい安定した発現量であるかという点では慎重にならないといけないのはたしかです。そういう意味で躊躇している、あるいは文献で見当たらないというのは理解できます。それでもそういうデーターが必要というんであれば、何らかの条件をふって、安定した発現をしているというデーターを取っておく、あるいは組織のマクロファージの数と相かん関係があるというデーターを取っておくのは手です。そうすると補正をかける正当性が言えます。 もし後者が必要でPCRではデーターとして弱いなら、染色像からのポピュレーションをベースにすることもかのうですが、単りしたマクロファージでまず見る方が(組織中で起こっていることが再現できているのであれば)、解釈がしやすいです。

リアルタイムPCRの補正について 削除/引用 No.1538-1 - 2013/03/12 (火) 23:14:51 - リアルタイム こんばんは。 いつも困ったときにはこのページに来て勉強させてもらってます。 リアルタイムPCRの補正につきまして、質問させてください。 マクロファージだけ特異的にある遺伝子をノックアウトしたマウスを使って 実験しています。遺伝子をKOしていないマウスをコントロールにしています。 ある手術を施して、組織を調べたところ、ノックアウトマウスと コントロールマウスでマクロファージ量に差が見られました（免染）。 その後、組織からRNAを抽出してリアルタイムPCRを行い、 炎症関連の遺伝子の相対的な発現量の違いを見ました。 βアクチンで補正しました。 ΔΔCT法ではなく検量線をひいて 相対的な発現量を求めました。 そこで、こんな指摘がありました。 「マクロファージの量が違うのだから、マクロファージのmarker（CD68 など）もリアルタイムしてその値で補正してみたら、どうですか？」 いままでこんな話を聞いたことはなく、いろいろな意味で びっくりしました。 このような補正データの報告はいままでにあるのでしょうか？ しらべてみた限りでは、ありませんでした。。。 私自身はこの考え方に反対です。 仮にマクロファージで恒常的に一定量発現している遺伝子があれば このようなことも可能なのかもしれません。現在の研究の中で そう証明されている遺伝子はあるのでしょうか？？ マクロファージ特異的に遺伝子をKOしているのだから こんなこともできるのでしょうか？・・・ いろんなご意見お聞かせください。よろしくお願いいたします。

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