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低融点アガロースについて トピック削除
No.153-TOPIC - 2012/02/14 (火) 02:11:05 - Nyan
実験で低融点アガロースを使っていますが、≧1kbのものと<1kbの二つがあり、vector用とinsert用に使い分けていますが、実際どちらを使ってもあまり違いがないように思います。
低融点アガロースのサイズの違いは、何に由来するものなのでしょうか？
　
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ありがとうございました。 解決済み 削除/引用
No.153-6 - 2012/02/14 (火) 12:52:50 - Nyan
皆様、親切な解答ありがとうございました。
低融点アガロースは普段はクローニングの際に、切れのこりのvectorの混入やinsertの制限酵素処理前の精製に用いています。
カタログは調べてみたのですが、詳しい事は書いてなかったのでこちらで質問させて頂きました。
ゲルの強度や分離に違いがあると言うことで納得しています。
どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.153-5 - 2012/02/14 (火) 10:13:25 - AP
vector用とinsert用と書いているから、切り出しでしょうね。
その後の精製方法、用途によっては低融点である必要なありませんが。
今、主流の精製方法はNa+を含むchaotropic agentで溶かしてシリカに吸着させる方法だと思いますが、chaotropic agentは50℃程度で通常のアガロースゲルでも溶解するので、低融点である必要はありません。
DNAが変性しない温度でゲルを融解し、フェノール抽出で精製する方法だとか、精製せずに直接反応を行う場合などには必須ですが。

(無題) 削除/引用
No.153-4 - 2012/02/14 (火) 09:32:24 - う
どこから突っ込んでいいのかわかりませんが

もともと、低融点アガロースは、低融点であるので、
ゲルを切り出してDNAを精製するときにTm値よりも低い濃度で融解することから、
ゲル切り出しからのDNA精製への利用を目的として作られたものではなかったでしょうか？

それをまず抑えておいて、すぐ溶けることが他の目的にも有効だと言った方が
語弊が無いと思いますが。

あと、本題のアガロースの違いですが、
簡単に言うと、強度や（多分）編み目構造の作り方などが若干違うのではないでしょうか。
それに伴って泳動されたDNAの分離が違ってくるので、それぞれのゲルで
分離するDNAの大きさに得手不得手があるのです。

そのような情報は、メーカーのカタログに詳しく書いてあると思います。

(無題) 削除/引用
No.153-3 - 2012/02/14 (火) 09:13:10 - AP
低融点アガロースゲルはゲル強度が低いので低濃度では扱いづらく、高濃度で使うとなるとどうしても短フラグメント向きということになります。
長フラグメント用の低融点アガロースは低濃度でも使えるように、ゲル強度を高めるようなformulaになっていると思います。
逆に長フラグメント用のアガロースで高濃度にして短フラグメントを分離しようとすると分離が劣ります。泳動像自体をデータにするとか、分離のきわどいフラグメントを切り出しするとか、シャープな分離が必要な場合でなければかまわないともいます。

(無題) 削除/引用
No.153-2 - 2012/02/14 (火) 08:54:07 - 融点
たいていは普通のアガロースで大丈夫です。

低融点アガロースの方がいいのは、（２．５％〜）３％アガロースゲルなどで、
普通のアガロースで作ろうと電子レンジで加温・溶解する場合、
高温で比較的長い時間（３〜５分）かけないと溶けず、
そのため突沸する確率が高くなるので、
まだ不慣れな学生さんには、低融点アガロースを使うように指示しています。

ただ慣れると、どのタイミングで突沸するか分かるので、
普通のアガロースでも問題無く作れます。

低融点アガロースについて 削除/引用
No.153-1 - 2012/02/14 (火) 02:11:05 - Nyan
実験で低融点アガロースを使っていますが、≧1kbのものと<1kbの二つがあり、vector用とinsert用に使い分けていますが、実際どちらを使ってもあまり違いがないように思います。
低融点アガロースのサイズの違いは、何に由来するものなのでしょうか？
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