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どういう想定？ 削除/引用 No.1526-5 - 2013/03/11 (月) 18:49:02 - ~ 個人レベル"をどのような意味で使用されているのでしょうか。 基本的にはdryの解析は複数人で並行作業をする必要はありませんので、人月、ソフト、スキルを満たせば1人で解析できるでしょう。 >シークエンサで読むことは容易ですが 96、384ウェルプレート対応のシークエンサーが数台あるレベルでは読むのが容易というには程遠いですので、容易ということは次世代シークエンサーを持っているのが前提なのでしょうか？ そうであれば、解析ソフトも付属でつけているでしょうから、そのソフトの解析可能な範囲でアセンブルはできるでしょう。 ただ、個人レベルというのが、解析用のサーバやソフトの購入も個人負担で行うという意味であれば、結構大変ではないでしょうか。 たとえば次世代シークエンサー用解析ソフトであるCLC Genomics Workbenchを非アカデミックで購入すると定価が125万円です。 De novo assembly解析用（ゲノムサイズ2Gb程度）のサーバの要求スペックが OS：Windows7（64bit） メモリー：98GB RAM HDD：１TB×2（SATA） CPU：インテル　Xeon　X5650プロセッサー（2,66GHz, 6コア）×2 だそうで、こちらはPC専門店であれば100万円も出せば買えると思います。 （ソフトの販売元に依頼した場合にいくら乗せてくるかは不明ですが） 両方合わせて200万円くらいで買って、シークエンスデータを入手することができ、ソフトを使いこなすことができれば、このソフトの解析可能な範囲内で解析することができるでしょう。

難しいと、、、 削除/引用 No.1526-4 - 2013/03/11 (月) 10:14:05 - ema >ある生物種の解析断片をアセンブル ある生物種がHuman、mouse等すでにある程度解析されてデータになっているものならゲノムにあててアセンブルはある程度できると思います。 が、あまり詳細の判っていない生物種ではあてるための土台から検証しなくてはならない。それと異なったときにジャンクなのか未知なのかの検証が大変だとは思います。 今のよく売り込まれているソフトは次世代のデータでしたら3次解析からはそれなりにできますが、シークエンサの1次データの変換、アセンブル用の2次データの作成を正しく行うには注意が必要です。やる個人がWetとDryともに詳しく自分でプログラムを組めるまでの能力があればよりですが、そうでないと能力のある人たちとの共同にしないと大変だと思います。

(無題) 削除/引用 No.1526-3 - 2013/03/09 (土) 02:04:08 - おお 解析のアルゴリズムはもうで上がってますしねぇ。。。簡単なものでは一般のDNA解析ソフトにものっているんじゃなかったかなぁ。

(無題) 削除/引用 No.1526-2 - 2013/03/09 (土) 01:07:14 - sgs アセンブル自体は可能でしょうが、どの程度の「ゲノム解析」を目指しているのかに依ります。断片的で良ければ個人レベルでできますが、究極を目指すと国際コンソーシアムを組んでも不可能かも知れません。一昔前と最近のゲノム解読の論文を比べてみてください。

ゲノム解析 削除/引用 No.1526-1 - 2013/03/08 (金) 18:24:47 - ケンケン ゲノム解析が飛躍的に 進歩していますが 個人レベルである生物種の解析断片をアセンブルすることは可能でしょうか？ シークエンサで読むことは容易ですが ゲノムサイズは1Gと予想されています

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