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(無題) 削除/引用 No.1518-10 - 2013/03/07 (木) 14:53:06 - Atail 大変興味深い議題です。 私が扱っているタンパクは、messageはどの細胞でも充分に存在しているのに、タンパクそのものが一向に検出できません。それで最近になって我がボスが「これは本当はnon-codingなのでは？」と言い出している始末です。そうゆう訳で、ORFがあるのに翻訳されないことってあるのかなぁと思っている次第です。 数年前に読んだEMBOで、確かrDNAのpromoter部分からnon-coding RNAが転写され、これが自身のpromoter DNAと結合してDNMTをリクルートして転写抑制する…という話があった気がします。同じ様なfeedbackがmRNAにも存在していたら、、タンパクは皆無か、微量にしか存在しないのかも（但し機能するには微量でも充分だったりとかで）、と思いprojectのこの先が思いやられます、、。

(無題) 削除/引用 No.1518-9 - 2013/03/07 (木) 14:46:27 - DSC 詳しい者ではありませんが。 データベースでの「coding」あるいは「non-coding」というアノーテーションは、登録者が実験あるいは予測に基づいて表記を指定しなければ、機械的に予測されたORFの長さにより勝手に決められると聞いたことがあります（thresholdがいくらだったかは忘れましたが「X個以上のアミノ酸をコードするORFがあればcoding、それ未満のORFしかなければnon-coding」のような）。その仕組みでnon-codingと登録されたtranscriptsのうち、実は数十残基の短いペプチドをコードしている「mRNA」が最近少しずつ同定されていると聞きます。 お尋ねのtranscriptの「大部分を占めるORF」は「長い」のでしょうか？　絶対的な長さが長ければ、上記のような自動的な判定では「coding」とされてよさそうなものですね。それが「non-coding」とされているのであれば、登録者が実験事実に基づいてそのように登録したのかもしれません。AUG周辺のKozakとの一致はいかがですか？

(無題) 削除/引用 No.1518-8 - 2013/03/07 (木) 10:44:41 - おお >[Re:7] しのさんは書きました : > 現在解析中の遺伝子ですので、お答えはできません。申し訳ございません。 Not at all

(無題) 削除/引用 No.1518-7 - 2013/03/07 (木) 09:54:37 - しの 現在解析中の遺伝子ですので、お答えはできません。申し訳ございません。

(無題) 削除/引用 No.1518-6 - 2013/03/07 (木) 04:09:02 - おお >[Re:4] しのさんは書きました : > いいえ、NCBIのデータベースを見ると、ORFを含むにもかかわらずnon-coding RNAと呼ばれるものがあるみたいです。 non-coding RNAとかいているのであればそのエビデンスがあっておそらく発表されているのではないかと思います。または、たのnon-coding RNAとの共通性から来ているのかもしれませんね。リファレンスをチェックされてみてはどうでしょうか?またその遺伝子名などで PUBMEDでサーチしてみるとか。 私もちょっと興味がわいてきました差し支えなければその遺伝子名を教えていただけませんか?

(無題) 削除/引用 No.1518-5 - 2013/03/06 (水) 21:40:32 - 直輝 こういうのじゃない？ WikipediaのmRNA型ncRNA（mRNA-like non-coding RNA）の項目参照 http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8E%E3%83%B3%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0RNA

(無題) 削除/引用 No.1518-4 - 2013/03/06 (水) 20:54:41 - しの いいえ、NCBIのデータベースを見ると、ORFを含むにもかかわらずnon-coding RNAと呼ばれるものがあるみたいです。

(無題) 削除/引用 No.1518-3 - 2013/03/06 (水) 18:55:49 - KY 詳しくないのですが、興味本位ですが、 ノンコーディングRNAと定義したもののなかにORF自体があってもノンコーディングRNAと呼ぶのでしょうか？シュードジーンてきなものですか。

(無題) 削除/引用 No.1518-2 - 2013/03/06 (水) 17:37:49 - おお 要するに蛋白を発現しそうだけれど実際はそうでないというRNAということですよね。 もともとncRNAはORFがないRNAから見つかったものでORFがなさそうなRNAをみつけてそれをキャラクタライズしているのが現状です。 なので答えはもしかしたら一見ORFをもってそうでそうでないncRNAはぞんざいするかもしれません。じっさいにデーターベースを見てみますと、蛋白の配列はのっているけど遺伝子発現のエビデンスはRNAまでしかないものもちらほらとあります。 また蛋白を発現するが、タンパク発現以外の機能があるというのもあればおもしろいですね。

大部分がORFのノンコーディングRNA 削除/引用 No.1518-1 - 2013/03/06 (水) 17:04:30 - しの お世話になっております。 タイトル通りの質問なのですが、大部分がORFで占められているにもかかわらず、タンパク質をコードしないノンコーディングRNAというのは存在しうるのでしょうか。

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