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(無題) 削除/引用 No.1467-7 - 2013/02/21 (木) 10:15:48 - おお >[Re:5] qqさんは書きました : > ＞95%の確率で > なるほどねぇ、そんな言い方もあるねぇ。 > あ、いやいや、そんなところに感心されなくても、、、

(無題) 削除/引用 No.1467-6 - 2013/02/21 (木) 09:30:36 - aa みなさま、いろいろとアドバイスありがとうございます。 下記、質問に対し、少し付け加えたいと思います。 まず、前回の分析法ですが、エドマン法によるN末アミノ酸配列同定を実施しました。下記に記述があります通り、同分子量の夾雑蛋白があったとしても、セカンドピークとして拾えるのではないかと期待はしてたんですが、結論としてはセカンド、サードピークにもそれらしき配列を見つけることはできませんでした。もしかしたら、ターゲットの位置がずれていたことも推察できますが。。。 また、精製法に関してですが、 抗体カラムで特異的に精製したり、イオン交換、逆相といろいろとトライしましたが、夾雑物との分離能や精製効率を考慮すると、最適な精製法がありません。ということですので、試料をそのまま使用して、分析したいというのが希望です。 まずは、~さんが仰せられました方法論でトライしてみようと思います。

(無題) 削除/引用 No.1467-5 - 2013/02/21 (木) 09:11:39 - qq ＞95%の確率で なるほどねぇ、そんな言い方もあるねぇ。

(無題) 削除/引用 No.1467-4 - 2013/02/21 (木) 03:41:08 - おお エドマンでしょうか。N末の修飾はそのばあいどのように対処していますでしょうか。 どの程度夾雑物があるのかわかりませんが、2種類のものかあるとすれば95%の確率で2種類のアミノ酸が現れるはずなので、データーの詳細を洗い直してもいいかもしれませんよ。

(無題) 削除/引用 No.1467-3 - 2013/02/20 (水) 19:40:41 - ~ これ以上の精製ができないと判断されていますが、具体的には何を行ったのでしょうか。 夾雑タンパク質と目的タンパク質を区別できる何かがあるのですよね。 それを用いればより精製できるかもしれません。 以前の分析というのはどのような分析法だったのでしょうか？ また、その分析会社は何も代替案を提示しなかったのでしょうか？ LC-MS/MSでプロテアーゼ消化後のペプチドをカラムで分離した後にペプチド配列を読むのであれば、夾雑タンパク質の影響をそれなりに除けると思いますがそれはもう試したのでしょうか。 N末のペプチドがどれか分らないというのであれば、N末に標識する方法もあるようですね。 http://proteolysis.jp/forum/thread.php?id=165 これの標識するプロトコルだけを使いN末をビオチン化して、その後でプロテアーゼ消化し、逆相カラムで分けたペプチドの中からビオチン化されているものを拾えば、読めるのではないでしょうか。 決まった仕事以外は受けないという会社でない限り、分析会社は分析方法についてそれなりに融通が利くと思いますので、相談してみてはいかがでしょうか。 最悪、標識をこちらで行えば、打つくらいはしてくれると思いますが。

(無題) 削除/引用 No.1467-2 - 2013/02/20 (水) 19:27:24 - 着色マーカー ええと、エドマン法だったのかＭＳかだったのかをはっきりした書いたほうがいいと思います。

Ｎ末端配列の同定法について 削除/引用 No.1467-1 - 2013/02/20 (水) 19:06:10 - aa いつも大変勉強になります。 今回は、Ｎ末端アミノ酸配列の同定についての相談です。 あるタンパクのＮ末端の配列を同定したいのですが、 一般的には精製して、ゲルで分離したり、メンブレンに転写したりして試料を調製しますが、同じ分子量の夾雑タンパクがどうしても除去しきれません。しかも、量比が夾雑タンパクのほうが過剰量に存在するため、以前分析に出したところ、夾雑タンパクのアミノ酸しか検出されませんでした。 　そこで、N末配列を同定する際に、精製しなくても、夾雑蛋白が存在しても、網羅的にN末配列を同定する分析手法はないのでしょうか？ 対照のタンパクは配列も既知なので、複数のN末アミノ酸が同定されても照合することが可能です。また、もしそのような分析法があるならば、それを実施してくださる受託会社をご紹介ください。 何卒よろしくお願いいたします。

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