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(無題) 削除/引用 No.1387-3 - 2013/01/31 (木) 09:35:11 - qq 質問にはお答えできませんが、5000件のfastaファイルの中のどこかに、変なコードが紛れている可能性はないのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1387-2 - 2013/01/29 (火) 09:04:20 - KEN 自分は、大量データの場合、CLC main workbenchでやってしまうことが多いので、5000件をClustalW2ではやったことがないので、どのような状況が発生したのかが分かりませんが、何かエラーメッセージが出たのでしょうか？ もしくは、PCが固まったのでしょうか？ 少量でうまく行ったとは何検体程度でしょうか？ 結構、ClustalWにしてもCLCにしてもアライメントは結構、時間がかかりますけど。。。

大量データのmultiple alignment 削除/引用 No.1387-1 - 2013/01/29 (火) 08:37:26 - あかね 長さの異なる配列のmultiple alignmentの方法（ソフト、サイト等）を教えてください。 ゲノムのタンデムリピート配列(130 bp程度）のsequenceデータ(fasta format)が手元に大量にあります。配列、および長さにはバラツキがあります。例をあげると以下のような配列データが、5000程あります。 >A0001 ATGACGTAGTGATGACAGTGACATAGTCAAAGTG >A0002 ATGACGTAGTGATGACAGTCATAGTCAAAGTG >A0003 ATGACGTAGTGATGACAGTGACATAGTCTTAGTG >A0004 ATATGACGTTGTGATGACAGTGGCATAGTCAAAGTGCAGT これらをもとに、配列間で相同性の高い配列(consensus配列）を導きだしたいと思っています。少数の配列をもとにalignmentするだけなら、ClustalW等でうまく行くのですが、大量の配列だとどうもworkしません。大量データでmultiple alignmentがおこなえるソフト、サイト等を教えてください。 よろしくお願い致します。

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