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組み換えタンパクの分子量が予想とあいません。 トピック削除
No.1349-TOPIC - 2013/01/18 (金) 01:10:43 - 発現太郎
いつも勉強させていただいています。

現在、pET-28a(+) のNde1/EcoR1サイトにあるタンパク質の一部の断片(約350bp)のインサートを挿入して、組み換えタンパクを発現させようとしています。
サブクローニングの確認では、コロニーPCRポジティブのものを、Nde1/EcoR1で制限酵素処理し、350bp付近に非常に薄いですがバンドが出ることを確認しました。(エチブロ染色は後染めにも関わらずです)

予想では10kDa付近に出るはずのバンドが、いざ大腸菌(予備的にDH5aを使用しています)で発現させると、CBB染色では約50kDa付近にIPTGによって特異的に誘導されたバンドが確認されます。フレームがずれるにしても大きすぎると思うのです。
異なるコロニーから抽出したプラスミドでも同様の結果が得られます。

シーケンスやHis抗体でのWesternなど最終的な判断材料が不足しているのは承知しているのですが、このような理解しがたい現象は起こりうるのでしょうか?
 
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ありがとうございました。 解決済み 削除/引用
No.1349-6 - 2013/01/18 (金) 17:14:10 - 発現太郎
完全に初歩的なミスをしておりました。
皆様、どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1349-5 - 2013/01/18 (金) 11:34:53 - Q
もう答えは出た気がするけど、
まずは、基本に戻って
ベクターを導入してない大腸菌と比較やってみる気概を持とうよ。

(無題) 削除/引用
No.1349-4 - 2013/01/18 (金) 03:37:13 - おお
>[Re:3] qqさんは書きました :
> >大腸菌(予備的にDH5aを使用しています)で発現させると
> DH5aで発現させるのは、無理でしょ?
> T7-polymeraseを発現するコンピを使わんと無理よ。
>

あ、ほんとだ。見落としてた。バンドはノンスペの可能性が高いでしょう。

(無題) 削除/引用
No.1349-3 - 2013/01/18 (金) 03:15:40 - qq
>大腸菌(予備的にDH5aを使用しています)で発現させると
DH5aで発現させるのは、無理でしょ?
T7-polymeraseを発現するコンピを使わんと無理よ。

(無題) 削除/引用
No.1349-2 - 2013/01/18 (金) 02:13:20 - おお
>[Re:1] 発現太郎さんは書きました :

> シーケンスやHis抗体でのWesternなど最終的な判断材料が不足しているのは承知しているのですが、このような理解しがたい現象は起こりうるのでしょうか?



起こり得ます。でもシーケンスは確認してください。ほんとにそれが起こっているか決めるのが先です。

組み換えタンパクの分子量が予想とあいません。 削除/引用
No.1349-1 - 2013/01/18 (金) 01:10:43 - 発現太郎
いつも勉強させていただいています。

現在、pET-28a(+) のNde1/EcoR1サイトにあるタンパク質の一部の断片(約350bp)のインサートを挿入して、組み換えタンパクを発現させようとしています。
サブクローニングの確認では、コロニーPCRポジティブのものを、Nde1/EcoR1で制限酵素処理し、350bp付近に非常に薄いですがバンドが出ることを確認しました。(エチブロ染色は後染めにも関わらずです)

予想では10kDa付近に出るはずのバンドが、いざ大腸菌(予備的にDH5aを使用しています)で発現させると、CBB染色では約50kDa付近にIPTGによって特異的に誘導されたバンドが確認されます。フレームがずれるにしても大きすぎると思うのです。
異なるコロニーから抽出したプラスミドでも同様の結果が得られます。

シーケンスやHis抗体でのWesternなど最終的な判断材料が不足しているのは承知しているのですが、このような理解しがたい現象は起こりうるのでしょうか?

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