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(無題) 削除/引用 No.1327-14 - 2013/01/13 (日) 15:25:25 - ~ ・異種間で特定タンパク質中の25アミノ酸残基内に、配列の違いがある場合がある ・異種間で特定タンパク質中の25アミノ酸残基内に、配列の違いが必ずある は別の話であり、考えているのは後者なのですよね。 また、 ・同種内では特定タンパク質中の25アミノ酸残基は、必ず同じである が成立するかの問題もありますね。 順番としては、 １．他の方法で株または種を特定し、その中の特定タンパク質の特定部分のアミノ酸配列を同定する ２．種であれば、種内差がないことを何らかの方法で確認する ３．確認が取れたタンパク質で種の同定を行う の流れになるのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1327-13 - 2013/01/12 (土) 14:29:42 - mon 細菌・真菌は形態からの種同定が難しいので、ribosome RNA遺伝子間のITS配列で同定することも多くなっています。 それでも標準株と分離株でSNPがあったりしましたが。 参考になれば。

(無題) 削除/引用 No.1327-12 - 2013/01/12 (土) 12:24:27 - 虫の息 藻類がどうなのかはわかりませんがヒトではSNPsとかで検索するとN末から25残基以内にアミノ酸変異があるものもありそうなので、違ったからといって別種と言えるのかなぁ？

(無題) 削除/引用 No.1327-11 - 2013/01/12 (土) 07:14:15 - KEN 仮にペプチド配列決定で行く場合、MSを考えておられますか？それとも、従来のペプチドシークエンサーを使うのですか？ どちらにしても、学内に発注という形をとらないと、結構な額になるとおもいます。

(無題) 削除/引用 No.1327-10 - 2013/01/12 (土) 04:00:55 - おお あ、なるほど。配列を読むということですね。 アミノ酸の配列も遺伝子でコードされている以上、よほど特別な状況にない限り遺伝子配列を読んでいるのと大きくは変わりませんよね。遺伝子のほうが1フレーム3ベースでアミノ酸が変わらない変化もあることを考えると、感度的には上がるのではと。 ただ、DNAの配列を読むだけでよしとはしない発想は素晴らしいことです。 一タンパクに注目せずに大きくとらえる方が処理がしやすいようなきがしています。例えば同じようなライフサイクルのステージとかでタンパク(遺伝子)発現プロファイルを作って。発現プロファイルがとの程度似ているとか、離れているとか、、、なかなかセットアップが難しいかもしれませんけど。 系統などにはあまり明るくないので、恥ずかしいことをいっているかもしれませんが、まあおおめにみてやってください。

(無題) 削除/引用 No.1327-9 - 2013/01/12 (土) 00:59:02 - 小言幸兵衛 「流行中の、核酸を使うことをはじめに考えましたが、 手法をいろいろ変えて結論を出さねば信頼度が高まりませんので、 遺伝子の表現形質であるタンパクもcyt-cあたりでやれたら どうかなと考えまして。」 とお書きになっていますが、その紅藻では非典型コドンが使われていることを想定されているのでしょうか？ そうでないならば、タンパク質のアミノ酸配列をペプチドシークエンスで決定することに信頼性の点でメリットがあるとは思われませんが。 それとも私の誤読ですか？ 日本語も英語に劣らず難しいですね。

(無題) 削除/引用 No.1327-8 - 2013/01/11 (金) 22:06:49 - 直輝 >最低発注残基数が最大でも25なので、 間違ってペプチド合成委託を調べてませんか？ やりたいのはタンパク質の一次構造解析ですよね。 タンパク質の配列決定はお金がかかるので、遺伝子の配列決定の方が良いと思います。 チトクロムCの保存度の高いところにプライマーを設計してPCRで増幅し、外注でシーケンスすれば良いと思う。

(無題) 削除/引用 No.1327-7 - 2013/01/11 (金) 21:22:29 - KEN ペプチド合成じゃなくて、ペプチドシークエンスするってことですかね。 自分は、ヒト、動物検体しか使った経験がないので、「藻類」という点では、よくわからないですが、ウイルスでなら核酸を用いた系統樹解析は以前よく行ってました。 核酸を用いて次世代シークエンサーでやればいいのではと思ったりしますが。。。 または、既に◯◯番目のアミノ酸等、見たい場所が決まっているならば、無難にキャピラリーシーケンサーを使うとか、Snap shot assayを行うか、Heat resolution meltingを行うとか。 自分は、大規模に配列決定をして、無難に系統樹を書くほうが、安価で済みそうな気がします。

(無題) 削除/引用 No.1327-6 - 2013/01/11 (金) 20:24:42 - coralll 系統樹解析は究極の目的ですが、まずは 定義が難しい種の実在の議論からと考えております。 「種間差」について詳しく述べます。 紅藻の、とある属の中の種は形態変異がはなはだしいので 互いに識別することが非常に難しいのです。 別種であることに賛成するかどうかを言う 目的のための分子的比較手法を選ぼうとしております。 流行中の、核酸を使うことをはじめに考えましたが、 手法をいろいろ変えて結論を出さねば信頼度が高まりませんので、 遺伝子の表現形質であるタンパクもcyt-cあたりでやれたら どうかなと考えまして。 しかし、核酸にせよ、タンパクにせよ、 配列決定は研究とは違う、routine workなので 資金を別に考えると、外注が合理的で有ると考えます。 ざっと委託料金を調べたところでは 最低発注残基数が最大でも25なので、 こんな僅かな長さで差が見つかるか不安になりました。 そこで、タンパクを使っての差の報告例を見たことが有るか 尋ねました。学名なら一発で調査完了ですが、 生物の分類群を限定せずに行なう、手法の調査なので 自分ひとりでは無理なためです。

(無題) 削除/引用 No.1327-5 - 2013/01/11 (金) 18:42:28 - KEN どのような研究を検討されているのでしょうか？ 系統樹解析でしょうか？ 基本単価での鎖長ですが、30AA程度の業者もあるので、一概に25AAは言えませんが、Fmoc法を用いたペプチド合成機の仕様によるものでは？ 合成長がながければHPLCをするにしても元の純度も下がり、合成量も減るわけで。。。 あくまで、自分はユーザー側なので、詳しい業者の方に聞いたらよいかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.1327-4 - 2013/01/11 (金) 16:55:10 - おお 種間をどれほどの幅で考えているかよく分かりませんが、ない方が不思議というのが個人的な感覚です。 場合によってはN末は結構バリエーションが出てもおかしくない場所かもしれないというのも個人的な感覚です。メチオニンから早々に構造ドメインが始まっているケースは少ないと思うからです。 ただしシグナルペプチドのようなものがある時は事情が違うかもしれませんが、その手のタンパクはあまり経験がありませんので、、、 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 1 [Homo sapiens] NP_004499.2 1 mwrglalara igcaargrgq wavraadcaq。。。。 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 1 [Mus musculus] NP_663335.2 1 mwrgRTlara igYaVrgrgL EaEHaaerie。。。。

(無題) 削除/引用 No.1327-3 - 2013/01/11 (金) 16:07:44 - あれれ 英語はお得意でも，日本語は何をおっしゃりたいのかが良くわかりませんね(汗) 動物種の違いにより，N末端から25残基の配列に違いがあるタンパク質はいくらでもあると思います． 単なる個人的な感想を書いただけなので 失礼なとお感じにならぬよう願います。

どういうこと？ 削除/引用 No.1327-2 - 2013/01/11 (金) 16:02:27 - ~ 質問の意味がよく分かりません。 1985年の論文で、ヒトとマウスのp53の4番目のアミノ酸が異なっていることが書かれています。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC554332/pdf/emboj00270-0166.pdf これは、N末から4番目のアミノ酸ですので >蛋白のアミノ酸のN terminalからの配列残基数２５まで に該当し、 ヒトとマウスを比較して異なっていますので >種間差が出た ことになり、 論文なので >報告 です。 >ここ10年間で見たことが有りますか。 発表は1985年ですが、見たのは先ほどです。

アミノ酸配列での種間差の論文の有無 削除/引用 No.1327-1 - 2013/01/11 (金) 14:03:24 - coralll 蛋白のアミノ酸のN terminalからの配列で 残基数２５までで種間差が出たとの報告は ここ10年間で見たことが有りますか。 受託会社の基本単価での最長が25残基数なので。

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