>[Re:4] NUPDさんは書きました :
> 大学院生が良く同様の状況になりぱにくってますね。
> 大体テンプレートが少ないと思ってテンプレートを増やしてそれでも出ない。
> おおさんが書かれているように夾雑物だったりｐHだったりが理由の場合がほとんどで、
> 私はむしろテンプレートを減らしたり希釈することを勧めてますし、
> 大体それで解決できてます。
ゲノムは量を増やすとかからなくなる事がよくありますね、たとえちゃんと精製したものでも。知らない人は増やそうとするんですが、そのためPCR後の電気泳動でバッチリゲノムが見えたりして、どんだけ入れてるねんっていうのも見たことがあります。
状況によって手を加えてやり直すと書きましたが、状況がわからないのでそれくらいしかかけなかったのです。でもこの書き方じゃあわからないだろうから、何らかのリスポンスを期待したのですが、、、
KAPAのキットはDNA抽出液を入れてパーシャルに組織を分解して溶出してきたゲノムをPCRにかけるというものですから、未消化の組織に抽出液を入れて処理してみるとかできますし、溶出したものを若干精製するといった事もできます。精製するとしたら５００mMNaClを含む飽和尿素を１：１で加えてイソプロパノールで沈殿させるとか。
そのキットで抽出液を直接電気泳動にかけると高分子DNA（ゲノム）が検出できますか？できるならあまり抽出できてないとかある程度評価できますけど。
上記のような事であまり細かく考えて手を加えたくないなら、ゲノム精製キットを用意しておいて検出できなかったものはそれに乗っけて更に精製するとかでもいいかもしれません、抽出ができているのなら。 |
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