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(無題) 削除/引用 No.13125-3 - 2025/09/30 (火) 01:58:44 - おお 雑に書きましたが、パスウェイに関わる遺伝子が１０個あって２個が発現の差がえられたのと、１００個あって２０個発現の差が認められたのでどれくらい重みが違うでしょうか？ パスウェイに関わる遺伝子のピックアップの仕方も完璧な方法があるとはいえないとすると、どうやって重みを定量化するのでしょうか？ パスウェイに関する遺伝子の機能はすべて遺伝子の発現で制御されているでしょうか？律速段階てきなキーの遺伝子があるならそれだけの動きで十分なこともあるかもしれません。 クロストークなどシグナルの伝達が網目を張っているなら、パスウェイ全体より途中からの動きでそのシグナルは成り立っているかもしれません。 13124の質問の回答も間接的ではありますが参考になると思います。要するに統計的手法と実際の遺伝子発現や機能にギャップがあり、埋めることが容易でない問題が残っています。 まずは全体的に、客観的にどういう結果なのかを示すのができることではないでしょうか？その次はそのパスウェイが働いていることを検証するというのがストレートなやり方だと思います。場合によっては過去の事例からさほどp値が低くなくても、あるいは濃縮度合いがそこまで高くなくても、検証すれば働いていることが示せたというのもあるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.13125-2 - 2025/09/29 (月) 12:34:45 - おお https://olvtools.com/rnaseq/help/gene-ontology-enrichment-analysis ここにあるdot plot とか網羅されているのでは？ 正しいかどうかについては、正解があるわけではないとおもいます。

GO analysisのデータの見せ方 削除/引用 No.13125-1 - 2025/09/27 (土) 22:57:54 - IBD GO analysisを行ったのですが、ロリポップ形式で提示しようと考えています。 横軸をFold changeにするのか、p-valueにするのかで全く図が異なるのですが、普通に考えると、一定のp-valueを達成したからには、真に重要になるのは、Fold changeなのではと考えているのですが、正しいでしょうか。 所詮p-valueは一つに基準にすぎませんが、濃縮度合いって、その経路がどれだけ重みがあるかですよね？ 正しいでしょうか？

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