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(無題) 削除/引用 No.13116-5 - 2025/09/24 (水) 23:24:58 - おお 何も入れてないが、溶媒をだけでそこに何も加えてないのか、ほんとに何も培地に加えてないのか質問からはよくわからないのだけど、実験はすでにしていて結果が出てるわけだからそれを元に検証して実際にリガンドの影響で変化していることを示していったほうがいいのではないかと思う。検証できたものに関しては文句つけようがないので。

(無題) 削除/引用 No.13116-4 - 2025/09/24 (水) 18:36:11 - １ 対照群には何も加えないということは通常はしないと思われます。対照群には、リガンドを溶解した溶媒（DMSO, PBS, medium, あるいは等濃度のNaCl,------などいろいろ)を同じ容量で加えてます。溶媒およびその最終濃度によっては細胞に影響を与えたりするものもあるのでそのようにしています。またpeptideやRNAなどならば対照群にはスクランブル（アミノ酸や塩基の組成は実験群に加えたものと同じで、配列をバラバラにする）を添加したりもします。こうすることで、得られた結果が本当に添加した物質（質問者の場合はリガンド）によるものか、溶媒に起因するものかを識別することができます。

(無題) 削除/引用 No.13116-3 - 2025/09/20 (土) 14:18:51 - おお まず抗ウイルス関連の遺伝子が動いたから、なにかコンタミしてるって言うのが理論的にあまりにも飛躍しすぎています。 結局そのタンパクに何か混ざっていてというのは限られたもの以外は見えるわけでもありませんし、それによる細胞の反応も目に見えるわけではないありません。RNAseqならqPCRなどで検証して、またリガンドが働いた結果遺伝子が動いた事をたの実験で示すのがやり方です(網羅的解析でいろいろな比較をするのでなければ)。論文読んだらそういう流れになってませんか？ 限られたものという中には、大腸菌から精製したものならLPSとか問題になる可能性がありますが、細胞にかけるものなら、データーシートとかに検出結果が載っていることも少なくないです。 DNAやRNAならヌクレアーゼを使うてはあります。

(無題) 削除/引用 No.13116-2 - 2025/09/19 (金) 12:58:42 - う 不純物のない真の純品というものはあり得ないのでいつまでも気にしないといけませんよ。 リガンドの不活性型を振りかけてみるとか、レセプターを欠損させてみるとか、リガンドの純度やリガンド自身の濃度に比例するかなど確認するしかない。

リガンドを振りかける際に注意すること 削除/引用 No.13116-1 - 2025/09/19 (金) 10:44:55 - EDC 細胞にリガンドを振りかけて、差異をRNAレベル、タンパク質レベルで見ています。 ラボ内では伝統的に、市販で購入したリガンドを培養液に入れた群と、何も入れない群で比較して、数々の論文を出しています。また、他のラボでも、他のリガンドも含めて、コントロールは、何も入れていないのは結構スタンダードな気がします。 自分もそれにならいRNA-seqをしたのですが、差のある遺伝子の中に、抗ウイルスの遺伝子も複数含まれていました。 となると若干、購入した、リガンドタンパク質の中に微量の不純物等が入っていて、何か反応しているのではないかという懸念が湧いてきたのですが、現代において、そういったことはどこまで気にするものなのでしょうか。

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