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(無題) 削除/引用 No.13051-7 - 2025/07/30 (水) 03:57:04 - おお なんか同じような問題が、マウスに移植したヒトがん組織のRNAseqでも起こりそうですね。

(無題) 削除/引用 No.13051-6 - 2025/07/30 (水) 02:28:07 - おお https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds?LinkName=geoprofiles_gds&from_uid=41855820 Analysis of embryonic stem cells (ESCs) after treatment with sphingosine-1-phosphate (S1P) which plays a role in regulation of fate in many cell types. ESCs grown on mouse embryo fibroblast feeder cells and under feeder-free conditions. Results provide insight into the role of S1P in ESC renewal. さがせばあるんじゃないですかね。。。

(無題) 削除/引用 No.13051-5 - 2025/07/30 (水) 02:00:55 - おお >[Re:4] ssさんは書きました : > > ぬ様 > コメントありがとうございます。 > 確かに、Sikerを用いてGRCh38特異的なリードを抽出することは技術的には可能です。しかし、20%もマウス由来のリードがコンタミしているデータをその後の比較・解析に使用し、そこから得られた結果を論文に使用してよいものか疑念が残るのです。iPSCやESCを扱われている方々の間では暗黙の了解というわけではないと思うのですが。。。 方法論を明記することにより、どのようなデーターかわかれば、その方法で導かれたデーターという科学的な保証を担保することができます。そのようなことはいろいろな実験であり得ることです。もちろんフィダーを使ってないようなふりして（言及しないで）データーをだすと大問題です。 またそのようなデーターにおいて、バリデーションをすることで結果にある程度信用性を持たせることもできますし、それは依頼した人がそのデーターを見てやるのでしょう。あるいは他のいろいろなデーターから照らし合わせて整合性をみるとか。 そのデーターだけでものを言うのか、そのデーターから何らかの可能性を引き出して検討するという方向性なのかという点でも違った見方になるかもしれません。 というのがそういう実験に携わってない理想論的な意見です。じっさいそういう実験をしている人の意見がつくといいですね。

(無題) 削除/引用 No.13051-4 - 2025/07/29 (火) 12:25:18 - ss >[Re:3] ぬさんは書きました : > そういう場合、bowtie2でmappingするreference genomeをGRCh38とmm10を結合させたreferenceを自作します。human genomeはChr1, いらないmouse genomeは"mChr1"といったふうに、染色体表記によってどちらのChr1かわかるように修正してください。 > bowtie2のmappingをN=0でミスマッチなしのmappingにして、mouseではなくhuman genomeにのみmappingするリードを取得します。mapping後に、human genomeにのみmapしたリードを回収、両方あるいはmouse genomeにmapされたリードを廃棄。 ぬ様 コメントありがとうございます。 確かに、Sikerを用いてGRCh38特異的なリードを抽出することは技術的には可能です。しかし、20%もマウス由来のリードがコンタミしているデータをその後の比較・解析に使用し、そこから得られた結果を論文に使用してよいものか疑念が残るのです。iPSCやESCを扱われている方々の間では暗黙の了解というわけではないと思うのですが。。。

(無題) 削除/引用 No.13051-3 - 2025/07/28 (月) 21:56:40 - ぬ そういう場合、bowtie2でmappingするreference genomeをGRCh38とmm10を結合させたreferenceを自作します。human genomeはChr1, いらないmouse genomeは"mChr1"といったふうに、染色体表記によってどちらのChr1かわかるように修正してください。 bowtie2のmappingをN=0でミスマッチなしのmappingにして、mouseではなくhuman genomeにのみmappingするリードを取得します。mapping後に、human genomeにのみmapしたリードを回収、両方あるいはmouse genomeにmapされたリードを廃棄。

(無題) 削除/引用 No.13051-2 - 2025/07/28 (月) 21:01:09 - toto 「GRCh38にマップされたリードのみ」といわれても、マウスのも含まれるでしょう。そういうデータがNCBIに含まれると、いわゆる「汚染した」ということになりそうな気がしますが。

ヒトiPSCのATAC-seq解析 削除/引用 No.13051-1 - 2025/07/28 (月) 13:35:36 - ss 知人からヒトiPSCのATAC-seqデータ解析を依頼されました。 fastpでadaptor trimmingを実施してから、bowtie2を用いてGRCh38にマッピングしたところ、overall alignment rateが60-70%程でした。unmapped readsをマウスゲノムへマッピングしたところ、90-95%のoverall alignment rateでした。マウスゲノムのコンタミネーションをその知人に報告したところ、iPSCをfeeder-free条件では培養していないとのことで、マウスMEFのコンタミネーションであることがわかりました。知人（＋そのPI）は、GRCh38にマップされたリードのみを解析してれればよいとの見解でしたが、私はコンタミネーションしたサンプルをそのまま使い続け、NCBIに生データをdepositすることに抵抗を感じております。いくつか論文をあたりましたが、コンタミネーションしたiPSCサンプルを使用していると記載している文献は見つけられず、MEFのコンタミネーションがどの範囲まで許容されているのかわからずモヤモヤしております。 もし、お分かりになられる方がいらっしゃればご教示のほどよろしくお願いいたします。

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