Bio Technical フォーラム

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shRNAによる遺伝子ノックダウンの条件について トピック削除
No.13045-TOPIC - 2025/07/19 (土) 22:17:02 - pub
こんにちは。

現在、shRNAを用いて特定の遺伝子をノックダウンする実験系を立ち上げようとしています。
pLKO.1ベクターを用いた標準的なノックダウン法で、HEK293で作製したレンチウイルスを、急性骨髄性白血病細胞株に感染させる予定です。Puromycinで選択後、RNA・タンパクを回収し遺伝子発現解析を行います。

以下、二点質問があります。

1、レンチウイルス濃度を最適化するため、希釈系列を作って感染させようと思うのですが、初めはどれくらいの範囲の濃度を検討すべきでしょうか。

2、Puromycin選択終了当日に、すぐに遺伝子発現解析を行なってもよいでしょうか。プロトコルによっては通常の増殖培地で数日回復させてから下流の実験を行なっているようなのですが、みなさんはどうされていますか。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.13045-2 - 2025/07/20 (日) 05:40:12 - おお
https://www.genecopoeia.com/resource/lentivirus-thats-my-moi-and-im-sticking-to-it-lentivirus-moi-cell-lines/

https://cdn.origene.com/assets/documents/lentiviral/recommended_lentivirus_moi_for_common_cell_lines.pdf

サーモフィシャーも同様のテーブルを公開してたと思う。

死細胞が内容だと選択終了後でもいいと言うか、選択終了が具体的に何かよく分からん。

shRNAによる遺伝子ノックダウンの条件について 削除/引用
No.13045-1 - 2025/07/19 (土) 22:17:02 - pub
こんにちは。

現在、shRNAを用いて特定の遺伝子をノックダウンする実験系を立ち上げようとしています。
pLKO.1ベクターを用いた標準的なノックダウン法で、HEK293で作製したレンチウイルスを、急性骨髄性白血病細胞株に感染させる予定です。Puromycinで選択後、RNA・タンパクを回収し遺伝子発現解析を行います。

以下、二点質問があります。

1、レンチウイルス濃度を最適化するため、希釈系列を作って感染させようと思うのですが、初めはどれくらいの範囲の濃度を検討すべきでしょうか。

2、Puromycin選択終了当日に、すぐに遺伝子発現解析を行なってもよいでしょうか。プロトコルによっては通常の増殖培地で数日回復させてから下流の実験を行なっているようなのですが、みなさんはどうされていますか。

よろしくお願いします。

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