Bio Technical フォーラム

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ゲル内消化用で切り出したバンドの保存方法 トピック削除
No.13044-TOPIC - 2025/07/18 (金) 17:07:31 - s
現在、SDS-PAGEのCBB染色で得られたバンドを切り出してゲル内消化を行った後、LC-MS/MSを用いた分析を行おうとしています。泳動から分析まで三日程時間が空く場合、SDS-PAGEで切り出したバンドはどのような状態で保存するのが望ましいでしょうか。現在は切り出した後に脱色液(10%酢酸、15%メタノール)に浸しています。
皆さまの意見を聞かせていただけましたら幸いです。
 
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No.13044-5 - 2025/07/19 (土) 12:56:57 - ち
あと、酢酸についてはタンパク質をあまり長いこと酢酸にさらしてるとアミノ基の非酵素的アセチル化が起こることがあると言われたことがあります。なので必要以上にいつまでも酢酸に晒すのはやめたほうがいいと思います。

あとゲルの染色については、通常のCBBのゲル染色液でも分析はできますが、できればCBB染色ならば市販のMS分析用途に適した染色液(Kit)を使用してください。自作もできます。Colloidal blue stainningで検索して貰えばレシピが見つかると思います。酢酸を含んでません。CBBはG-250を使用してます。一般的に使われるCBB-R250だと分析機器のカラムが汚れやすいらしいです。

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No.13044-4 - 2025/07/19 (土) 12:39:55 - ち
水抜くというか、単にあまり余分な水分が多く残ってると、分析の際にゲル内プロテアーゼ消化とかステップで、ゲル片をbufferを加える時とか薄まってしまう気がするのでそうしてます。ゲル片に、なるべく余分な水がついてないようにというくらいの感じで、頑張って水除くとかそういうことではないです。

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No.13044-3 - 2025/07/18 (金) 22:05:40 - s
ありがとうございます!
保存するときに水を抜くんですね。参考にさせていただきます。

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No.13044-2 - 2025/07/18 (金) 19:53:04 - ち
ゲル片を切り出したら1.5mlチューブに入れて水で何回かすすいだあと、なるべく水を除いてから空の新しい1.5mlチューブに入れて-20℃ or -80℃に保存してます。半年後くらいにLC-MS/MSで委託分析したこともありますが、普通にタンパク質同定できました。保存していたゲル片は凍ってるので分析に出す際は解凍しますが、別にあまり関係ないみたいです。いつもそれを4℃で送ってます。今まで何か支障が出たことはありません。
溶液につけて保存しておく必要はないと思います。

これら一連の作業は、ケラチンのコンタミ(これはどんなに注意しても避けられませんが、それでもある程度まで減らすことはできます。仮にケラチンがコンタミしててもタンパク質の同定はできますが。)をできるだけ減らすためグローブ着用で行うことを勧めます。

ゲル内消化用で切り出したバンドの保存方法 削除/引用
No.13044-1 - 2025/07/18 (金) 17:07:31 - s
現在、SDS-PAGEのCBB染色で得られたバンドを切り出してゲル内消化を行った後、LC-MS/MSを用いた分析を行おうとしています。泳動から分析まで三日程時間が空く場合、SDS-PAGEで切り出したバンドはどのような状態で保存するのが望ましいでしょうか。現在は切り出した後に脱色液(10%酢酸、15%メタノール)に浸しています。
皆さまの意見を聞かせていただけましたら幸いです。

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